Rimborso IRAP - Autotutela - Imprese esercenti attività di trasporto pubblico locale.

RILEVATO

CHE:

1. La (——) s.p.a. presentava istanze di rimborso Irap per Euro 1.920.930,61 per gli anni dal 1999 al 2003, sul presupposto di avere erroneamente indicato tra i componenti positivi della base imponibile anche i contributi erogati dalla regione e dagli enti locali per il ripianamento delle perdite di esercizio, non compresi, invece, nella base imponibile ai sensi del Decreto Legislativo n. 447 del 1997, articolo 11 bis. Con Provv. 28 settembre 2001 la Direzione regionale della Agenzia delle entrate della Toscana comunicava che spettava alla contribuente il rimborso per gli anni 1999, 2000 e 2001, quindi riconoscendo la somma di Euro 655.154,17, poi non liquidata. Successivamente il 26-9-2003 l'Agenzia comunicava alla contribuente di avere inviato la richiesta alla Direzione regionale per provvedere alla liquidazione. L'Agenzia delle entrate, poi, a seguito di processo verbale di constatazione della Guardia di finanza, da cui era emersa la omessa dichiarazione di sopravvenienze attive e la conseguente parziale indeducibilita' della perdite di esercizi precedenti, con contestazione della produzione netta ai fini Irap, emetteva cinque avvisi di accertamento per gli anni 1999, 2000, 2001, 2002 e 2003. Il giudizio relativo all'anno 1999 veniva definito con provvedimento di autotutela parziale, mentre i restanti giudizi, relativi agli anni 2000, 2001, 2002 e 2003 venivano definiti con atto di conciliazione giudiziale ai sensi del Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articolo 48. Nell'atto di conciliazione del 2008 le parti si davano atto che "vista a risoluzione dell'Agenzia delle Entrate, n. 330 del 21/10/2002 e il recente orientamento espresso in merito dalla Corte di Cassazione (sentenze n. 4838/07,…)l'Ufficio non puo' rinunciare a quanto dovuto a titolo di Irap". Con Provv. 13 maggio 2008, n. 2008/2585, l'Agenzia delle entrate comunicava alla (——) il rifiuto esplicito alle richieste di rimborso Irap per gli anni dal 1999 al 2003.

2. Proponeva ricorso la contribuente in quanto, in relazione agli anni 1999, 2000 e 2001 il provvedimento di rifiuto espresso del 2008 era impedito dall'iniziale riconoscimento del credito del 28-9-2001. Per l'anno 2002 la (——) riduce la pretesa da Euro 424.244,23 ad Euro 370.880,23.

3. La Commissione tributaria provinciale accoglieva il ricorso, mentre la Commissione tributaria regionale accoglieva l'appello proposto dalla Agenzia delle entrate solo limitatamente all'anno 2003, confermando nel resto la decisione impugnata. Il giudice di appello rilevava che le domande di rimborso per gli anni dal 1999 al 2002 erano state accolte dalla Agenzia delle entrate, che non aveva mai esplicitamente revocato tali atti con un procedimento di autotutela. Inoltre, l'Agenzia delle entrate non poteva esercitare il potere di autotutela a tempo "indefinito", ne' poteva rinnovare un atto viziato "senza aver provveduto all'annullamento dello stesso" e senza "darne comunicazione al contribuente". La conciliazione giudiziale, poi, riguardava il calcolo dell'Irpeg dovuta dalla (——), calcolo effettuato con criteri completamente diversi rispetto al computo dell'Irap. Nell'atto di conciliazione nulla emergeva in merito alle richieste di rimborso Irap gia' accolte dall'Ufficio. Per l'anno 2003, invece, il rimborso Irap non era dovuto per l'intervenuto L. n. 289 del 2002, articolo 5, quale norma di interpretazione autentica.

4. Avverso tale sentenza propone ricorso per cassazione l'Agenzia delle entrate, depositando anche memoria scritta.

5. Resiste con controricorso la societa'.

CONSIDERATO

CHE:

1. Con il primo motivo di impugnazione l'Agenzia delle entrate deduce "in ordine alle statuizioni A.1 e A.2: violazione e falsa applicazione del Decreto Legge n. 546 del 1994, articolo 2 quater e del Decreto Ministeriale 11 febbraio 1997, n. 37, ai sensi dell'articolo 360 c.p.c., comma 1, n. 3", in quanto il giudice di appello ha erroneamente ritenuto che l'Agenzia delle entrate non puo' pretendere di "rinnovare" un atto viziato "senza aver provveduto all'annullamento dello stesso" e che, comunque, il provvedimento di rigetto del 2008 non era un idoneo atto di autotutela perche' l'Ufficio non puo' emettere provvedimenti di autotutela "a tempo indefinito". In realta', l'Agenzia delle entrate ha emesso un espresso provvedimento di rigetto delle istanze di rimborso, revocando i precedenti atti del 28 settembre 2001 e del 26 settembre 2003, notificando il provvedimento alla contribuente che aveva proposto impugnazione. L'autotutela poi, presuppone solo la mancata formazione del giudicato e la mancata scadenza del termine decadenziale fissato per l'accertamento, ne' v'e' stata alcuna violazione del principio di tutela dell'affidamento, in quanto al rimborso non e' stata mai data esecuzione. V'e' stata la conciliazione giudiziale del 2008 in cui si e' affermato che l'Ufficio "non puo' rinunciare a quanto dovuto a titolo di Irap". Il provvedimento di rigetto non ha comportato irrogazione di sanzioni.

1.1. Tale motivo e' infondato.

1.2. Invero, il Decreto Legge 30 settembre 1994, n. 564, articolo 2 quater, (autotutela) dispone che "con decreti del Ministro delle finanze sono indicati gli organi dell'Amministrazione finanziaria competenti per l'esercizio del potere di annullamento d'ufficio o di revoca, anche in pendenza di giudizio o in caso di non impugnabilita' degli atti illegittimi o infondati".

Il Decreto Ministeriale 11 febbraio 1997, n. 27, del Ministero delle finanze all'articolo 1 prevede che "il potere di annullamento e di revoca o di rinuncia all'imposizione in caso di autoaccertamento spetta all'ufficio che ha emanato l'atto illegittimo o che e' competente per gli accertamenti d'ufficio ovvero in via sostitutiva, in caso di grave inerzia, alla Direzione regionale o compartimentale dalla quale l'ufficio stesso dipende".

Inoltre, all'articolo 2 ("Ipotesi di annullamento d'ufficio o di rinuncia all'imposizione in caso di autoaccertamento) si legge che "L'Amministrazione finanziaria puo' procedere, in tutto o in parte, all'annullamento o alla rinuncia all'imposizione in caso di autoaccertamento, senza necessita' di istanza di parte, anche in pendenza di giudizio o in caso di non impugnabilita', nei casi in cui sussista illegittimita' dell'atto o dell'imposizione, quali tra l'altro: a) errore di persona; b) evidente errore logico o di calcolo; c) errore sul presupposto di imposta; d) doppia imposizione; e) mancata considerazione di pagamento di imposta, regolarmente eseguiti; f) mancanza di documentazione successivamente sanata, non oltre i termini di decadenza; g) sussistenza dei requisiti per fruire di deduzioni o regimi agevolativi precedentemente negati; h) errore materiale del contribuente, facilmente riconoscibile dall'Amministrazione.

All'articolo 2, comma 2, si precisa, poi, che "non si procede all'annullamento d'ufficio, o alla rinuncia all'imposizione in caso di autoaccertamento, per i motivi sui quali sia intervenuta sentenza passata in giudicato favorevole all'Amministrazione finanziaria".

1.3. Nella specie, l'Agenzia delle entrate, dopo avere accolto le istanze di rimborso Irap con Provvedimento 28 settembre 2001 e con successiva comunicazione 26 settembre 2003, limitatamente agli anni 1999, 2000 e 2001 (mentre la richiesta concerneva anche gli anni 2002 e 2003) ha poi, sulla scorta del processo verbale di constatazione del 14-2-2005, e dei successivi avvisi di accertamento, anche per Irap, definiti con conciliazione giudiziale ai sensi del Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articolo 48, emesso un provvedimento di rifiuto espresso alle istanze di rimborso in data 13-5-2008 (Provvedimento n. 2008/2585), in precedenza accolte.

1.4. La condotta dell'Agenzia delle entrate si palesa legittima alla stregua delle considerazioni che seguono.

Invero, non v'e' dubbio che con l'emissione del provvedimento di rifiuto espresso di tutte le istanze di rimborso (anni dal 1999 al 2003), l'Agenzia delle entrate ha esercitato il proprio potere di autotutela, annullando implicitamente il primo provvedimento, che pero' si limitava alle annualita' 1999, 2000 e 2001; si' che per gli anni 2002 e 2003 non v'era stato il previo accoglimento delle istanze di rimborso.

1.5. Invero e' pacifico per questa Corte che l'Amministrazione possa esercitare il proprio potere di autotutela in favore del contribuente, con il solo limite dell'esistenza del giudicato, ma vi sono anche pronunce di legittimita' che consentono all'Amministrazione di esercitare il potere di autotutela anche a danno del contribuente, sia quando vi sia stato l'annullamento di un avviso di accertamento, poi, nuovamente emesso emendato dai vizi che lo inficiavano, sia quando gia' si sia consolidato un affidamento di questi per l'avvenuto conseguimento di un provvedimento favorevole ampliativo della sfera giuridica del privato.

1.6. Infatti, per questa Corte il potere di autotutela cd. sostitutiva – in forza del quale l'Amministrazione puo' annullare l'atto illegittimo e sostituirlo con un altro di contenuto sostanzialmente identico, ma privo dei vizi originari – puo' essere esercitato, ai sensi del Decreto Legge n. 564 del 1994, articolo 2 quater, conv. in L. n. 656 del 1994, anche durante il giudizio di impugnazione proposto contro detto atto, trovando il suo fondamento nel cd. "principio di perennita'" della potesta' amministrativa, che, tuttavia, incontra i limiti dell'eventuale giudicato sul merito dell'impugnazione dell'atto oltre che del decorso del termine di decadenza per l'attivita' di accertamento o riscossione e del diritto di difesa del contribuente (Cass., sez. 5, 20 marzo 2019, n. 7751).

Peraltro, e' necessario che l'attivita' di ritiro sia giustificata da ragioni di rilevante interesse generale (Cass., sez. 5, n. 23765/2015), sicche' non e' sufficiente l'interesse al mero ripristino della legalita' violata, ne' l'interesse (utilitaristico) a conseguire maggiori introiti, occorrendo invece la sussistenza dell'interesse pubblico a reperire entrate fiscali legalmente accertate (Cass., sez. 5, n. 6398/2014). Gli unici limiti sono rappresentati dall'eventuale giudicato di merito sull'atto ritirato, dal decorso del termine di decadenza fissato dalla legge per l'attivita' di accertamento o di riscossione (Cass., sez. 5, n. 2531/2002; Cass., sez. 5, n. 7033/2018), oltre che dal diritto di difesa del contribuente (Cass., sez. 5, 7335/2010; Cass., sez. 5, n. 14219/2015; Cass., sez. 5, n. 12661/2016).

1.7. Piu' controversa e' la possibilita' per l'Amministrazione di annullare in via di autotutela un precedente provvedimento ampliativo della sfera giuridica del privato, sul quale quest'ultimo abbia fatto ragionevolmente affidamento.

Nelle pronunce piu' datate tale possibilita' non era consentita all'Agenzia delle entrate, tanto che si e' affermato che, proprio per la natura "immanente" anche nell'ordinamento tributario del principio di tutela dell'affidamento, non e' legittimo l'esercizio della potesta' di autotutela in malam partem nei confronti del contribuente, in presenza di una situazione giuridica soggettiva di vantaggio di quest'ultimo, acquisita in base all'applicazione del principio della tutela dell'affidamento legittimo del contribuente stesso (Cass., sez. 5, 10 dicembre 2002, n. 17576).

1.8. Nelle pronunce di questa Corte piu' recenti, invece, si e' ritenuto che, in materia tributaria, il potere di autotutela e' funzionale al soddisfacimento dell'interesse pubblico a reperire le entrate fiscali legalmente accertate, sicche' e' legittimo l'annullamento, in tale sede, di un atto favorevole al contribuente (nella specie, un provvedimento di abbuono di imposta per furto, non previsto dal Decreto Legislativo 26 ottobre 1995, n. 504, articolo 4, vigente "ratione temporis"), non essendone preclusa l'adozione dal Decreto Ministeriale 11 febbraio 1997, n. 37, articolo 1, recando quest'ultimo un'elencazione non esaustiva delle ipotesi in cui l'amministrazione finanziaria puo' procedere all'annullamento in autotutela (Cass., sez. 5, 19 marzo 2014, n. 6398). Si e' affermato, quindi, che e' possibile per l'Amministrazione finanziaria adottare in via di autotutela provvedimenti di annullamento di precedenti atti incidenti in malam partem sulla sfera del contribuente. L'Agenzia delle entrate ha, dunque, il potere di adottare atti modificativi di precedenti statuizioni favorevoli al contribuente, proprio perche' il potere di autotutela in ambito fiscale va osservato in un'ottica protesa a salvaguardare il soddisfacimento dell'interesse pubblico a reperire le entrate fiscali "legalmente accertate". Se, quindi, vi e' l'esigenza di introitare mezzi finanziari sia pure nell'ambito delle prerogative e nei limiti stabiliti dalla legge, analoga esigenza governa anche l'esercizio dei poteri di autotutela (in tal senso anche Cass., sez. 5, n. 13412/2012, con cui si e' ritenuto legittimo l'esercizio del potere di autotutela anche quando incide su precedenti atti che avevano illegittimamente – annullato un atto impositivo sulla base di funzioni di controllo e di indirizzo; cfr, anche Cass., sez. 5, n. 22827/2013, per cui anche l'atto di annullamento in autotutela, come ogni altro atto amministrativo, puo' essere annullato dalla Amministrazione, sussistendone le condizioni di legge, nell'esercizio del potere, riconosciutole dall'ordinamento, di ripristino dell'assetto provvedimentale violato dall'atto illegittimo).

1.9. Quanto alla tutela del legittimo affidamento deve precisarsi che tale principio e' presidiato dalla giurisprudenza Eurounitaria, anche in relazione al lasso temporale trascorso tra provvedimento ampliativo della sfera giuridica del privato ed annullamento d'ufficio di tale provvedimento. Si e' osservato, infatti, che se bisogna riconoscere ad ogni istituzione comunitaria, che accerta che l'atto che essa ha appena adottato e' viziato da illegittimita', il diritto di revocarlo, con effetto retroattivo, "entro un termine ragionevole", va pero' chiarito che tale diritto trova un limite nella necessita' di rispettare il legittimo affidamento del beneficiario dell'atto che ha potuto fare affidamento sulla legittimita' di quest'ultimo (Corte giustizia Ue, 20 giugno 1991, n. 365, Cargill, paragrafo 18; Corte UE, 3 marzo 1982, Alpha Steel, Racc., pag. 749; Consorzio Cooperative d'Abruzzo/Commissione, Racc., pag. 1005, punti 12-17;Corte Giustizia Ue, 17 aprile 1997, n. 90, de Compte, paragrafo 35). La revoca di un atto illegittimo e', allora, consentita, anche se i principi della certezza del diritto e della tutela del legittimo affidamento richiedono che tale revoca avvenga entro un termine ragionevole e che si tenga conto della misura in cui l'interessato ha potuto eventualmente confidare nella legittimita' dell'atto (Corte giustizia UE, 18 ottobre 2012, n. 402, Jager, paragrafo 59; Corte giustizia UE 4 maggio 2006, Commissione/Regno Unito, C-508/03, Racc. pag., 1-3969, punto 68).

Il principio comunitario dell'affidamento, sancito dalla L. n. 212 del 2000, articolo 10, comma 1, ed espressione dei principi di cui agli articoli 3, 23, 53 e 97 Cost. (Cass., sez. 5, 28 febbraio 2018, n. 4614), e' stato richiamato anche in una recente pronuncia di questa Corte (Cass., sez. 5, 27 marzo 2019, n. 8514), in cui si e' evidenziato che tale principio si presenta affine alla rute of law del sistema giuridico inglese, secondo la quale l'amministrazione, soprattutto in sede di esercizio del potere di autotutela, deve salvaguardare le situazioni soggettive che si sono consolidate per effetto di atti o comportamenti della stessa amministrazione, idonei ad ingenerare un ragionevole affidamento nel destinatario dell'atto. Inoltre, si e' precisato che la tutela dell'affidamento risponde a ragioni di certezza e stabilita' dei rapporti giuridici, prevedendo il consolidamento della situazione di vantaggio nell'ambito della sfera del cittadino, in particolare dei c.d. vested rights (diritti quesiti), che non possono essere successivamente sacrificati, in quanto hanno determinato la convinzione di essere diritti acquisiti al patrimonio del cittadino beneficiario (Corte Giustizia UE, 26 febbraio 1987, Consorzio Cooperative d'Abruzzo/Commissione, citata). Nella pronuncia di questa Corte citata da ultimo, pero', non si e' riconosciuto sussistente l'affidamento del privato in quanto vi era stato solo un parere favorevole dell'Amministrazione in sede di istruttoria, mentre il provvedimento finale del procedimento era stato sfavorevole al contribuente. Si e' anche precisato che l'affidamento del contribuente di fronte al mutamento di indirizzo interpretativo dell'Amministrazione finanziaria deve essere valutato avendo riguardo all'inderogabilita' delle norme tributarie ed all'indisponibilita' della relativa obbligazione, alla vincolativita' della funzione impositiva ed all'irrinunciabilita' del diritto da parte del Fisco, sicche' l'eventuale violazione del principio di buona fede nello svolgimento dell'attivita' amministrativa non obbliga l'Amministrazione ad emanare un provvedimento "contra legem" per il solo fatto che, nella fase istruttoria, abbia erroneamente valutato la disciplina applicabile (Cass., sez. 5, 8514/2019, sentenza citata; anche Cass., sez.un., 23031/07).

1.10. Del resto nel Regolamento CEE n. 2913/92 del Consiglio, in data 12 ottobre 1992, che ha istituto il codice doganale comunitario, all'articolo 220 comma 2 lettera b si prevede che "…non si procede alla contabilizzazione a posteriori quando….b) l'importo dei dazi legalmente dovuto non e' stato contabilizzato per un errore dell'autorita' doganale, che non poteva ragionevolmente essere scoperto dal debitore avendo questi agito in buona fede e rispettato tutte le disposizioni previste dalla normativa in vigore riguardo alla dichiarazione in dogana" (altre affermazioni esplicite sul piano doganale si rinvengono nel Regolamento CEE 1967/72 della Commissione del 14 settembre 1972, nel Regolamento CEE n. 1697/7 del Consiglio del 24 luglio 1979).

1.11. Le sentenze citate dalla controricorrente, poi, riguardano il diverso, anche se contiguo, tema del rapporto tra normativa sopravvenuta e tutela dell'affidamento del contribuente. Nella sentenza della Corte di giustizia UE, 29 aprile 2004, n. 487, Gemeente Leusden, al paragrafo 60 si legge che "per quanto concerne le normative nazionali adottate dagli Stati membri in materia d'Iva, la Corte ha in particolare deciso che la qualita' di soggetto passivo, una volta riconosciuta, non puo' piu' essere ritirata con effetto retroattivo, al di fuori di situazione fraudolente o abusive, senza violare i principi della tutela del legittimo affidamento e della certezza del diritto, in quanto cio' priverebbe retroattivamente il soggetto passivo del diritto alla deduzione dell'Iva versata sulle spese d'investimento da lui effettuate; anche Corte Giustizia Ue, 8 giugno 2000, Breitsohl, Racc. pag. 1/4321, punti 34-38).

Tuttavia, sul punto questa Corte ha affermato che, in materia di agevolazioni tributarie, non contrasta con il principio di legittimo affidamento, la previsione del Decreto Legge n. 185 del 2008, articolo 29, comma 1 (cd. "decreto anticrisi"), conv., con modif., in L. n. 2 del 2009, nella parte in cui istituisce un tetto massimo al credito d'imposta fruibile per le spese di ricerca e di sviluppo, anche con riguardo ai crediti maturati prima della sua entrata in vigore, perche', come affermato dalla Corte Cost. e dalla Corte di Giustizia UE, detto principio arretra quando l'intervento normativo e' giustificato dalla salvaguardia di principi, diritti e beni di rilievo costituzionale, tra i quali rientra la finalita' di detto decreto di mantenere il bilancio dello Stato nel rispetto dei limiti approvati anche in sede Europea (Cass., sez. 5, 9 marzo 2018, n. 5733).

Si e' anche precisato che la L. n. 448 del 1998, articolo 3, comma 11, ha abrogato, con decorrenza dal 1 gennaio 1999, la L. n. 662 del 1996, articolo 2, commi 210 e 213, sicche' il credito d'imposta per l'avvio di attivita' produttive o professionali ivi attribuito non spetta per le annualita' successive al 1998, non sussistendo alcun diritto soggettivo perfetto dell'interessato a godere dell'agevolazione ne' potendo lo stesso vantare un legittimo affidamento, in quanto il cd. Statuto del contribuente non ha rango superiore alla legge ordinaria e, pertanto, le norme tributarie possono essere modificate retroattivamente, anche in senso sfavorevole, purche' cio' avvenga in modo razionale, nei limiti della proporzionalita' e nel perseguimento di interessi pubblici (Cass., sez. 5, 9 maggio 2018, n. 11077).

1.12. Inoltre, per questa Corte, dopo un primo orientamento che riteneva che la lesione dell'affidamento comportasse, oltre alla eliminazione delle sanzioni e degli interessi, anche quella del tributo (Cass., sez. 6, 10982/09; Cass., sez. 5, 6 ottobre 2006, n. 21513), l'orientamento piu' vicino, ritiene che le circolari ministeriali in materia tributaria non costituiscono fonte di diritti ed obblighi, sicche', ove il contribuente si sia conformato ad un'interpretazione erronea fornita dall'Amministrazione finanziaria, e' esclusa soltanto l'irrogazione delle relative sanzioni e degli interessi, senza alcun esonero dall'adempimento dell'obbligazione tributaria, in base al principio di tutela dell'affidamento, espressamente sancito dalla L. n. 212 del 2000, articolo 10, comma 2, (Cass., sez. 5, 11 luglio 2019, n. 18618; Cass., sez. 5, 18 maggio 2016, n. 10195; Cass., sez. 5, 19479/2009; Cass., 25 marzo 2015, n. 5934). L'obbligazione tributaria, infatti, prescinde del tutto dalle intenzioni manifestate dalle parti del rapporto fiscale, dipendendo esclusivamente dall'obiettiva realizzazione dei presupposti impositivi.

1.13. Tuttavia, nella specie, si rileva che nella conciliazione giudiziale del 2008, relativa alla impugnazione dei cinque avvisi di accertamento per Ires ed Irap, per gli anni 1999, 2000, 2001, 2002 e 2003, riportata nella sua stesura integrale dalla ricorrente Agenzia delle entrate, quest'ultima, richiamando specifiche decisione di questa Corte, proprio sul tema del diniego del rimborso Irap in relazione alle somme erogare dagli enti locali per il ripianamento di perdite societarie, ha manifestato l'intenzione di non rinunciare all'Irap relativa. La societa', sottoscrivendo il verbale di conciliazione giudiziale, quindi ha mostrato non aver nutrito alcun affidamento sulla possibile restituzione delle somme relative al rimborso Irap, per cui aveva ottenuto il provvedimento di accoglimento del 2001 e nel 2003.

Pertanto, non solo v'e' stato un provvedimento espresso di diniego dei rimborsi, in data 13-5-2008, comunicato alla contribuente, con natura di provvedimento di autotutela, ma non si era formato un affidamento della societa', che aveva sottoscritto il verbale di conciliazione giudiziale di cui al Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articolo 48.

2. Con il secondo motivo di impugnazione la ricorrente deduce "in ordine alla statuizione sub A.3: violazione e falsa applicazione del Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articolo 48, in relazione all'articolo 360 c.p.c., comma 1, n. 3", in quanto il giudice di appello ha erroneamente ritenuto che la conciliazione giudiziale del 2008 non ha efficacia ai fini della decisione "poiche' la stessa ha riguardato il calcolo dell'Irpeg dovuta da (——)" ed "il calcolo e' avvenuto con criteri completamente diversi da quello di calcolo dell'Irap". Inoltre, nell'atto di conciliazione "niente emerge in merito alle richieste di rimborso Irap gia' accolte dall'Ufficio". In realta', nella conciliazione giudiziale era ricompreso anche il rigetto delle istanze di rimborso Irap.

2.1. Tale motivo e' fondato.

Invero, per questa Corte, con riferimento alla conciliazione giudiziale di cui all'articolo 185 c.p.c., il verbale di conciliazione giudiziale, che ha natura di atto negoziale ancorche' redatto con l'intervento del giudice a definizione di una controversia pendente, va interpretato alla stregua degli articoli 1362 c.c. e ss., risolvendosi in un accertamento di fatto di esclusiva spettanza del giudice di merito. Ne consegue che il sindacato di legittimita' non ha ad oggetto la ricostruzione della volonta' delle parti, bensi' solo l'individuazione dei criteri ermeneutici del processo logico del quale il giudice si sia avvalso per assolvere la funzione a lui riservata, al fine di verificare se sia incorso in vizi del ragionamento o in errore di diritto (Cass., sez. 1, 26 febbraio 2014, n. 4564; fin da Cass., 1 giugno 1968, n. 1655; contra Cass., sez. L, 26 ottobre 2017, n. 25472, per cui la conciliazione di cui agli articoli 185 e 420 c.p.c. e' una convenzione non assimilabile ad un negozio di diritto privato puro e semplice, caratterizzandosi, strutturalmente, per il necessario intervento del giudice e per le formalita' di cui all'articolo 88 disp. att. c.p.c., e funzionalmente, per l'effetto processuale di chiusura del giudizio nel quale interviene).

Il verbale di conciliazione giudiziale, ai sensi del Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articolo 48, per quanto redatto con l'intervento del giudice a definizione di una controversia pendente tra le parti, ha natura negoziale, in quanto la conciliazione e' frutto dell'incontro delle volonta' delle parti, onde l'interpretazione del contenuto di detto verbale postula un'indagine sulla volonta' delle parti e si risolve in un accertamento di fatto (Cass., sez. 5, 28 giugno 2007, n. 14911).

Si e', inoltre, precisato che in tema di contenzioso tributario, la conciliazione giudiziale prevista dal Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articolo 48, sia nel testo originario che in quello risultante dalle modifiche apportate dalla L. n. 311 del 2004, articolo 1, comma 419, ha carattere novativo delle precedenti opposte posizioni soggettive e comporta l'estinzione della pretesa fiscale originaria, unilaterale e contestata, e la sua sostituzione con una certa e concordata, tanto che il relativo processo verbale costituisce titolo per la riscossione delle somme dovute (Cass., sez. 5, 19 giugno 2009, n. 14300; Cass., sez. 5, 6 maggio 2015, n. 9019).

La natura negoziale e novativa, comporta allora l'estinzione della pregressa obbligazione tributaria e la sua sostituzione con la nuova obbligazione. Nel verbale di conciliazione del 2008 e' evidente che le parti hanno tenuto conto non solo del processo verbale di constatazione della Guardia di finanza, relativo ai cinque anni, dal 1999 al 2003, in relazione all'Irpeg ed all'Irap relativa, ma anche delle istanze di rimborso Irap gia' accolte con provvedimento del 2001. Infatti, nell'atto si rileva che l'Agenzia delle entrate ha disconosciuto le perdite della societa' (oltre 19 miliardi di lire), poi riportate negli esercizi successivi. Infatti, i contributi erogati per ripianare i disavanzi di esercizio delle azienda di trasporto pubblico locale dovevano qualificarsi come "proventi esenti", ai sensi del Tuir, articolo 102 (ora articolo 84) e articolo 75, comma 5, nella stesura anteriore all'1-1-2004. Per l'Agenzia delle entrate la (——) avrebbe dovuto determinare il reddito del 2009 tenendo conto della percentuale di indeducibilita' dei costi indistinti, considerando i contributi pubblici come proventi "esenti", con corrispondente variazione in aumento nella dichiarazione dei redditi. In tal modo per il 1999 emergeva un utile di lire 1.260.412.979, invece che una perdita di esercizio di Lire 19.876.043.000. Infatti, ai sensi del Tuir, articolo 102 (ora articolo 84) la perdita e' diminuita dei proventi esenti dall'imposta diversi da quelli di cui all'articolo 88 per la parte del loro ammontare che eccede i componenti negativi non dedotti ai sensi dell'articolo 96 (gia' articolo 63) e dell'articolo 109, commi 5 e 6 (gia' articolo 75, commi 5 e 5 bis). La L. 24 dicembre 2007, articolo 1, comma 310, ha fornito l'interpretazione autentica del Decreto Legge n. 833 del 1966, articolo 3, comma 1. L'Ufficio, quindi, ha deciso di addivenire alla conciliazione giudiziale di cui al Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articolo 48, con annullamento nella misura del 50 % dei maggiori ricavi accertati per l'anno 1999. Al posto della perdita di Lire 19.876.043.000 e' stato accertato il reddito di Lire 1.260.412.974, con un maggiore reddito di Lire 21.136.456,00, poi ridotto del 40 % a Lire 12.681.873.600, con una perdita riportabile di Lire 3.715.478,42 (Lire 19.876.043.000 – 12.681.873.600,00). Le perdite residue si sono compensate con i redditi degli anni successivi 2001 e 2002, con una Irpeg dovuta nel 2002 per Euro 205.829,40 e completamente compensata per il 2001.

Al termine del calcolo vi e' la dizione "Vista la Risoluzione della Agenzia delle Entrate n. 330 del 21.10.2002 e il recente orientamento espresso in merito dalla Corte di Cassazione (sentenze nn. 4838/07; 4839/07 e 4840/07) l'Ufficio non puo' rinunciare a quanto dovuto a titolo di Irap. Resta, altresi' fermo, il pagamento dell'Iva".

Tale locuzione, con il riferimento espresso alle pronunce di questa Corte attinenti proprio alle richieste di rimborso Irap per i contributi pagati dagli enti pubblici locali per ripianare le perdite delle societa' addette al trasporto pubblico, e' univocamente diretta all'Irap relative alle istanze di rimborso. Infatti, le sentenze di questa Corte nn. 4838, 4839 e 4840 del 2007 sono relative alla norma di interpretazione autentica di cui alla L. 27 dicembre 2002, n. 289, articolo 5, comma 3, proprio con riferimento alle istanze di rimborso Irap per la asserita non inclusione nel calcolo per la base imponibile dei contributi erogati dagli enti pubblici locali alle imprese esercenti attivita' di trasporto pubblico al fine di ripianare i disavanzi di esercizio.

Pertanto, nella convenzione novativa sono state ricomprese anche le istanze di rimborso Irap relative agli anni 199, 2000, 2001, 2002 e 2003.

3.Con il terzo motivo di impugnazione la ricorrente lamenta "in ordine all'anno 2002: violazione dell'articolo 112 c.p.c., in relazione all'articolo 360 c.p.c., comma 1, n. 4", in quanto il giudice di appello non ha tenuto conto che in relazione all'anno 2002 non e' stato mai emesso alcun provvedimento di accoglimento della istanza di rimborso, riferita solo agli anni 1999, 2000 e 2001. Per tale annualita' v'e' stato solo il provvedimento di rigetto dell'istanza di rimborso del 13 maggio 2008.

3.1. Il terzo motivo e' fondato.

Infatti, e' pacifico in atti che l'Agenzia delle entrate, con il Provv. 28 settembre 2001, poi confermato il 26 settembre 2003, ha accolto le istanze di rimborso Irap solo per gli anni 1999, 2000 e 2001, con esclusione del 2002 e del 2003, sicche' erroneamente il giudice di appello ha rigettato il gravame proposto dalla Agenzia delle entrate con la motivazione "ritiene pertanto che sia da confermare l'accoglimento del ricorso per gli anni dal 1999 al 2002", non potendo l'Ufficio esercitare il suo potere di autotutela a tempo indefinito, senza avere previamente provveduto ad annullare il provvedimento viziato. In realta', per l'anno 2002 non vi era stato alcun provvedimento di accoglimento iniziale da dover annullare successivamente in via di autotutela. Il giudice di appello e' incorso, quindi, nel vizio di ultrapetizione, in violazione dell'articolo 112 c.p.c.

4. Con il quarto motivo di impugnazione la ricorrente deduce "in ordine alla statuizione A.4: violazione e falsa applicazione del Decreto Legislativo n. 546 del 1992, articoli 11 e 11 bis e dei successivi L. n. 289 del 2002, articolo 5, comma 3 (Legge Finanziaria 2003) e Decreto Legge n. 209 del 2002, articolo 3, comma 2 quinquies, nel testo convertito con L. n. 265 del 2002, in relazione all'articolo 360 c.p.c., comma 1, n. 3", in quanto il giudice di appello ha confermato la tesi dei primi giudici per gli anni 1999, 2000, 2001 e 2002, accogliendo l'appello della Agenzia delle entrate solo in relazione all'anno 2003.

4.1. Il motivo e' fondato.

Invero, il Decreto Legislativo n. 446 del 1996, articolo 11, nella versione anteriore alle modifiche poi apportate dal Decreto Legislativo n. 176 del 1999, prevedeva, alla lettera a), che "i componenti positivi e negativi si assumono in conformita' delle norme del testo unico delle imposte sui redditi, approvato con Decreto del Presidente della Repubblica 22 dicembre 1986, n. 917, e della applicazione di esse in sede di dichiarazione dei redditi; i componenti positivi e negativi, conseguiti o sostenuti in periodi di imposta anteriori a quello in corso alla data di entrata in vigore del presente decreto, la cui imputazione ai fini delle imposte sui redditi sia stata rinviata in applicazione delle norme del predetto testo unico, concorrono alla determinazione del valore della produzione netta del periodo d'imposta in cui si verifica tale imputazione…concorrono in ogni caso alla formazione della base imponibile le plusvalenze e minusvalenze relative a beni strumentali non derivanti da operazioni di trasferimento di azienda".

Vi era, quindi, una "regola" costituita dalla modalita' di assunzione dei componenti positivi e negativi della base imponibile Irap che si asseriva dover avvenire in conformita' delle norme del Tuir e dell'applicazione di esse in sede di dichiarazione dei redditi.

L'eccezione" era, invece, costituita dalle plusvalenze e minusvalenze relative a beni strumentali non derivanti da operazioni di trasferimento di azienda, le quali, "in ogni caso", avrebbero dovuto concorrere alla formazione della base imponibile Irap.

4.2. Con il Decreto Legislativo 1 giugno 1999 si aggiungeva un ultimo periodo al termine del Decreto Legislativo n. 446 del 1996, articolo 11, lettera a), con l'aggiunta, dopo la previsione delle plusvalenze e minusvalenze, che concorrevano alla formazione della base imponibile Irap anche "i contributi erogati in base a norma di legge, con esclusione di quelli correlati a componenti negativi non ammessi in deduzione". Si aumentava cosi' la portata della "eccezione", che ricomprendeva, non soltanto le plusvalenze e le minusvalenze, ma anche i contributi erogati "a norma di legge", con esclusione solo di quelli correlati a componenti negativi non ammessi in deduzione".

Vi erano, dunque, ricompresi ("a norma di legge") anche i contributi erogata, alle aziende esercenti il trasporto pubblico locale di cui alla L. n. 151 del 1981, a meno che non fossero correlati a componenti negativi non ammessi in deduzione.

4.3. Con il Decreto Legislativo n. 506 del 1999 il contenuto del Decreto Legislativo n. 446 del 1997, articolo 11, e' stato scomposto in due previsioni, gli articoli 11 e 11 bis, che hanno sostanzialmente riprodotto il medesimo precetto normativo.

In particolare, nell'articolo 11 si ripropone l'inserimento, nella formazione della base imponibile Irap, "in ogni caso" anche dei "contributi erogati a norma di legge con esclusione di quelli correlati a componenti negativi non ammessi in deduzione". Non si e', dunque, innovata la precedente disciplina e non e' stato modificato il precedente rapporto tra "regola" ed "eccezione", con il mantenimento anche della locuzione "in ogni caso" (Cass., 1 marzo 2007, n. 4838).

Una diversa interpretazione, tesa ad allargare le maglie della norma agevolatrice, sino a ritenere che i contributi alle aziende di trasporto non potessero essere ricomprese nella base imponibile Irap urtava con i principi del Trattato UE e con l'articolo 87 in tema di aiuti di Stato, stante l'evidente vantaggio economico che l'ampliamento surrettizio dell'agevolazione realizzerebbe, selettivamente e mediante l'utilizzo (sia pure indiretto) di risorse statali, a favore di un circoscritto numero di imprese, alterando il regime di concorrenza (Cass., 13302/2019).

4.4. La L. 289 del 2002, articolo 5, comma 3, quale di norma di interpretazione autentica del Decreto Legislativo n. 446 del 1997, articolo 11 (Cass., sez. un., 14 ottobre 2009, n. 21749), ha stabilito, con una interpretazione appunto restrittiva, che "la disposizione contenuta nel Decreto Legislativo 15 dicembre 1997, n. 446, articolo 11, comma 3, secondo la quale i contributi erogati a norma di legge concorrono alla determinazione della base imponibile dell'imposta regionale sulle attivita' produttive, fatta eccezione per quelli correlati a componenti negativi non ammessi in deduzione, deve interpretarsi nel senso che tale concorso si verifica anche in relazione a contributi per i quali sia prevista l'esclusione dalla base imponibile delle imposte sui redditi, sempre che l'esclusione dalla base imponibile dell'imposta regionale sulle attivita' produttive non sia prevista dalle leggi istitutive dei singoli contributi ovvero da altre disposizioni di carattere speciale".

4.5. Per questa Corte, dunque, sono esclusi dalla base imponibile Irap i contributi pubblici erogati nell'anno di imposta solo in presenza di una esplicita previsione, nella legge istitutiva, della correlazione tra il contributo ed un componente negativo non deducibile. Pertanto, i contributi erogati, prima dal Fondo nazionale trasporti, poi dalle Regioni), anche in epoca anteriore al 3112-2002, data di entrata in vigore della L. n. 289 del 2002, alle imprese esercenti il trasporto pubblico locale al fine di ripianare i disavanzi di esercizio debbono essere indicati nel calcolo per la determinazione della base imponibile dell'Irap (Cass., n. 25012/2018).

Per questa Corte, poi, in tema di IRAP, i contributi erogati alle aziende territoriali per l'edilizia residenziale possono essere esclusi dalla base imponibile ove espressamente destinati dalla legge alla copertura di elementi reddituali negativi non ammessi in deduzione, ai sensi del Decreto Legislativo n. 446 del 1997, articolo 11, comma 3, in quanto le disposizioni che escludono dal computo della base imponibile di una imposta dei componenti positivi del reddito hanno natura di norme eccezionali, come tali non applicabili analogicamente (Cass., 17 maggio 2019, n. 13362; Cass., n. 4410/2019; Cass., nn. 6468 e 6473 del 2019).

Si e' anche ritenuto che sono imponibili ai fini IRAP i contributi erogati alle aziende di trasporto pubblico locale ai sensi del Decreto Legge n. 355 del 2003, articolo 23, comma 1, conv. con modif. in L. n. 47 del 2004, in quanto non si puo' configurare una correlazione diretta tra detti contributi ed i costi non deducibili, costituiti dalle spese per il personale (agli effetti di cui al Decreto Legislativo n. 446 del 1997, articolo 11, comma 3), e considerato che ne' la legge istitutiva ne' altre disposizioni normative hanno previsto espressamente che tali contributi debbano essere esclusi dalla base imponibile ai fini del calcolo di tale imposta; peraltro, un'interpretazione non rigorosa di tali previsioni renderebbe contributi legittimi aiuti di Stato (Cass., 22 marzo 2019, n. 8179).

Non puo' attribuirsi rilevanza, in materia di esclusione di un finanziamento dalla base imponibile da calcolare ai fini Irap, ad una correlazione tra contributo e componente negativo del reddito che non sia specificamente e immediatamente rilevabile, e sia piuttosto ricavata indirettamente mediante operazioni di proporzionalita' tra contributi percepiti e costi sopportati (Cass., 8179/2019; Cass., n. 4838/2007). Si e' ulteriormente precisata la necessita' che la legge prescriva una specifica destinazione dei contributi alla copertura di componenti negativi del reddito (costi) non deducibile (quali le spese per il personale), dovendo pertanto prevedere che il contributo sia, anche solo in parte, rigorosamente vincolato tale funzione.

Occorre, dunque, ribadire l'ormai consolidato orientamento di questa Corte (Cass., n. 4838/2007; Cass., sez.un., 21749/2009; Cass., 14415/2010; Cass., 13160/2010; Cass., 29590/2011), secondo cui i contributi versati, prima dal Fondo nazionale trasporti, poi dalle Regioni, alle imprese esercenti trasporto pubblico locale, al fine di ripianare disavanzi di esercizio, debbono essere inclusi nel calcolo per la determinazione della base imponibile dell'Irap.

5. Pertanto, il ricorso deve essere accolto e, decidendo nel merito, deve essere rigettato il ricorso originario della contribuente, dovendosi confermare l'assoggettamento dei contributi per cui e' causa all'Irap.

Le spese dei giudizi di merito vanno compensate per intero tra le parti per la peculiarita' della vicenda trattata.

Le spese del giudizio di legittimita' vanno poste a carico della societa', per il principio della soccombenza, e si liquidano come da dispositivo.

P.Q.M.

Accoglie il ricorso; cassa la sentenza impugnata e, decidendo nel merito, rigetta il corso originario della contribuente.

Compensa interamente tra le parti le spese dei giudizi di merito.

Condanna la societa' a rimborsare alla ricorrente le spese del giudizio di legittimita' che si liquidano in complessivi Euro 13.000,00, oltre spese prenotate a debito.