La macchina operativa per accedere alle agevolazioni fiscali destinate al Mezzogiorno e alle zone logistiche si è rimessa in moto. L’Agenzia delle Entrate, con un doppio intervento datato 30 gennaio, ha rilasciato tutta la modulistica necessaria per richiedere i crediti d’imposta ZES Unica e ZLS relativi al triennio 2026-2028. Dalla fine di marzo sarà possibile avviare le procedure per ottenere i benefici previsti dalla Legge di Bilancio, che ha stanziato complessivamente poco più di 4 miliardi di euro per sostenere gli investimenti produttivi nelle aree agevolate.

I provvedimenti n. 3882/2026 e n. 3873/2026 hanno dato il via libera ai moduli dichiarativi che le imprese dovranno compilare per accedere ai due strumenti agevolativi, ciascuno con caratteristiche e ambiti territoriali distinti. Per chi opera nel Sud Italia o nelle aree portuali delle regioni più sviluppate, la finestra di opportunità è ora ufficialmente aperta, anche se con tempistiche precise da rispettare.

Le agevolazioni prorogate dalla manovra fiscale

Il credito d’imposta ZES Unica non è una novità assoluta nel panorama delle misure di sostegno alle imprese, visto che era stato introdotto dal decreto legge n. 124 del 2023. L’agevolazione premia gli investimenti in beni strumentali destinati a strutture produttive collocate nella Zona Economica Speciale del Mezzogiorno, un territorio che raggruppa le aree assistite di Campania, Puglia, Basilicata, Calabria, Sicilia, Sardegna, Molise e alcune zone dell’Abruzzo. Si tratta delle regioni che rientrano nelle deroghe previste dall’articolo 107 del Trattato sul funzionamento dell’Unione europea, sia al paragrafo 3 lettera a) che lettera c), come individuate dalla Carta degli aiuti a finalità regionale 2022-2027.

Parallelamente, esiste il credito d’imposta per le Zone Logistiche Semplificate, che invece riguarda investimenti in beni strumentali localizzati nelle aree portuali di regioni più sviluppate e in transizione, quelle che non fanno parte della ZES Unica. Una misura pensata per rafforzare le infrastrutture logistiche e i collegamenti tra zone industriali e nodi di trasporto.

Entrambe le agevolazioni hanno ricevuto dalla Legge di Bilancio 2026 un’estensione temporale significativa, che le proietta fino al 2028. Gli investimenti agevolabili non sono più limitati al 2025, ma si estendono anche a quelli realizzati tra il 1° gennaio 2026 e il 31 dicembre 2028. Una programmazione più ampia che consente alle aziende di pianificare con maggiore respiro i propri progetti di sviluppo.

Il doppio adempimento: comunicazione e integrazione

La procedura per beneficiare dei crediti d’imposta si articola su due passaggi distinti, entrambi obbligatori. Il primo consiste nell’invio telematico di una comunicazione all’Agenzia delle Entrate nella quale l’impresa indica l’ammontare delle spese ammissibili già sostenute e quelle che prevede di realizzare entro la fine dell’anno. Questa dichiarazione preventiva serve all’amministrazione finanziaria per quantificare le risorse necessarie e calcolare la percentuale di credito effettivamente fruibile da ciascun beneficiario.

Una volta conclusi gli investimenti programmati, scatta il secondo adempimento: la comunicazione integrativa. Qui l’impresa deve attestare l’effettiva realizzazione degli interventi dichiarati nella fase precedente, certificando che quanto preventivato si è realmente concretizzato entro il termine del 31 dicembre. Senza questo passaggio, l’agevolazione decade.

Il sistema telematico rilascia una ricevuta per ogni invio, che può attestare la presa in carico della comunicazione oppure lo scarto in caso di errori formali. Una modalità ormai consolidata che tuttavia richiede attenzione nella compilazione per evitare intoppi procedurali.

Le scadenze da rispettare nel 2026

Per gli investimenti realizzati nel corso del 2026, la finestra temporale per l’invio della prima comunicazione va dal 31 marzo al 30 maggio. In questo periodo le imprese devono trasmettere all’Agenzia delle Entrate l’ammontare delle spese sostenute dal 1° gennaio e quelle che intendono sostenere fino al 31 dicembre dello stesso anno. La trasmissione può avvenire direttamente da parte del beneficiario oppure tramite un intermediario abilitato.

Per quanto riguarda la comunicazione integrativa, quella che attesta la realizzazione effettiva degli investimenti, i termini sono compresi tra il 3 e il 17 gennaio dell’anno successivo. Chi investe nel 2026, quindi, dovrà inviare questa seconda dichiarazione tra il 3 e il 17 gennaio 2027. Stesse regole valgono per gli anni 2027 e 2028, con le medesime finestre temporali spostate in avanti di dodici mesi.

Quando la scadenza cade di sabato o in un giorno festivo, il termine viene automaticamente prorogato al primo giorno lavorativo utile. Un dettaglio procedurale che può fare la differenza nella pratica.

Modulistica e istruzioni operative per il bonus ZES

L’Agenzia delle Entrate ha predisposto un pacchetto documentale completo per le imprese interessate al credito d’imposta ZES Unica. Si compone del modello di comunicazione degli investimenti, delle relative istruzioni per la compilazione, del modello di comunicazione integrativa e delle istruzioni specifiche per quest’ultimo documento.

I moduli sono disponibili sul portale dell’amministrazione finanziaria e possono essere scaricati direttamente dai soggetti interessati. Le istruzioni forniscono indicazioni dettagliate sui campi da compilare, sulle modalità di calcolo delle spese ammissibili e sui requisiti formali richiesti per la validità della dichiarazione.

La compilazione richiede particolare attenzione nella sezione dedicata agli investimenti programmati, dove vanno indicati non solo gli importi ma anche la tipologia dei beni strumentali oggetto dell’agevolazione. Nella comunicazione integrativa sarà poi necessario inserire gli estremi delle fatture elettroniche e della certificazione rilasciata dai soggetti abilitati che attesta l’effettivo sostenimento delle spese.

Documentazione per le Zone Logistiche Semplificate

Anche per il credito d’imposta ZLS la dotazione documentale segue lo stesso schema: modello di comunicazione iniziale con le relative istruzioni, e modello di comunicazione integrativa accompagnato dalle proprie istruzioni operative.

La struttura dei moduli è sostanzialmente analoga a quella prevista per la ZES, con gli adattamenti necessari legati alle specificità territoriali delle Zone Logistiche Semplificate. Chi opera in queste aree deve prestare attenzione ai requisiti di localizzazione degli investimenti, verificando che le strutture produttive ricadano effettivamente nelle zone ammesse all’agevolazione secondo la mappatura ufficiale.

La modulistica è reperibile nella sezione dedicata del sito dell’Agenzia delle Entrate, con accesso diretto ai file scaricabili in formato compilabile. Una disponibilità che anticipa di qualche settimana l’apertura effettiva dello sportello, dando modo alle imprese di preparare la documentazione con il dovuto anticipo.

Le risorse disponibili per il triennio

La Legge di Bilancio 2026 ha quantificato le dotazioni finanziarie per ciascuno degli anni coperti dalla proroga. Per il credito d’imposta ZES Unica sono stati stanziati 2,3 miliardi di euro nel 2026, 1 miliardo nel 2027 e 750 milioni nel 2028. Risorse considerevoli che si sommano ai 2,2 miliardi già destinati al 2025, portando il totale degli stanziamenti a circa 4 miliardi di euro nell’arco temporale considerato.

Per le Zone Logistiche Semplificate la dotazione è più contenuta ma comunque significativa: 100 milioni di euro annui per ciascuno degli anni 2026, 2027 e 2028. Una cifra complessiva di 300 milioni destinata a rafforzare gli investimenti nelle aree logistiche delle regioni del Centro-Nord.

L’ammontare massimo del credito effettivamente fruibile dipende dal rapporto tra le risorse disponibili e le richieste presentate dalle imprese. Quando la domanda supera l’offerta, scatta un meccanismo di riparto proporzionale che riduce la percentuale riconosciuta a ciascun beneficiario. L’Agenzia delle Entrate comunica questa percentuale con apposito provvedimento entro dieci giorni dalla scadenza del termine per l’invio delle comunicazioni integrative.

Requisiti e caratteristiche degli investimenti agevolabili

Per accedere ai crediti d’imposta ZES e ZLS gli investimenti devono rispettare alcuni requisiti fondamentali. Innanzitutto, devono riguardare l’acquisizione di beni strumentali nuovi destinati a strutture produttive localizzate nelle zone ammesse. La soglia minima di investimento è fissata a 200.000 euro, mentre il tetto massimo arriva a 100 milioni di euro per singolo progetto.

I beni devono entrare in funzione entro il secondo periodo d’imposta successivo a quello di acquisizione o ultimazione. Se questo vincolo non viene rispettato, il credito viene rideterminato escludendo il costo dei beni non operativi. Allo stesso modo, se entro il quinto periodo d’imposta successivo all’entrata in funzione i beni vengono dismessi, ceduti o destinati a strutture diverse da quelle che hanno generato il diritto all’agevolazione, anche in questo caso scatta la rideterminazione del credito.

Per i progetti superiori a 50 milioni di euro si applica una metodologia specifica per il calcolo dell’importo agevolato, basata sul cosiddetto “importo di aiuto corretto”. Un meccanismo tecnico previsto dalla normativa europea sugli aiuti di Stato che tiene conto dell’intensità dell’aiuto in relazione alla dimensione dell’investimento.

La permanenza dell’investimento nella zona agevolata deve essere garantita per almeno cinque anni dopo il completamento del progetto. Un vincolo che mira a evitare delocalizzazioni immediate successive all’ottenimento del beneficio fiscale.

Controlli e certificazioni obbligatorie

L’accesso ai crediti d’imposta ZES e ZLS richiede il rilascio di una certificazione da parte di soggetti abilitati. Questa attestazione serve a verificare l’effettivo sostenimento delle spese ammissibili e la corrispondenza tra quanto dichiarato e la documentazione contabile dell’impresa.

I requisiti dei certificatori sono stabiliti dal decreto del Presidente del Consiglio dei ministri che ha istituito un apposito albo professionale. Professionalità, onorabilità e imparzialità costituiscono i criteri selettivi per l’iscrizione, proprio per garantire l’affidabilità delle verifiche effettuate.

La certificazione deve essere richiesta prima che eventuali irregolarità nell’utilizzo dei crediti d’imposta vengano constatate dall’amministrazione finanziaria. Non è possibile ottenerla se sono già iniziati accessi, ispezioni o altre attività di accertamento delle quali i soggetti obbligati abbiano avuto formale conoscenza.

L’inserimento degli estremi della certificazione nella comunicazione integrativa costituisce un passaggio obbligatorio, senza il quale la dichiarazione viene respinta. Un controllo formale automatico che scatta in fase di trasmissione telematica.

Cumulabilità con altre agevolazioni

Il credito d’imposta ZES può essere cumulato con altre misure di sostegno, comprese quelle regionali e la cosiddetta Nuova Sabatini, sempre nel rispetto dei limiti previsti dalla normativa sugli aiuti di Stato. Esistono però alcune incompatibilità assolute che vanno conosciute per evitare errori nella pianificazione fiscale.

In particolare, per gli investimenti del 2025 è stato previsto un contributo aggiuntivo del 14,6189% per le imprese che hanno presentato la comunicazione integrativa tra il 18 novembre e il 2 dicembre 2025. Questa integrazione spetta però solo a condizione che per gli stessi investimenti non sia stato riconosciuto il credito d’imposta Transizione 5.0. Si tratta di una scelta obbligata tra due binari agevolativi alternativi.

Per beneficiare del contributo aggiuntivo le imprese dovranno presentare un’ulteriore comunicazione telematica all’Agenzia delle Entrate tra il 15 aprile e il 15 maggio 2026, dichiarando di non aver ottenuto il credito d’imposta Transizione 5.0. Le modalità operative per questo adempimento verranno definite con un provvedimento atteso entro il 16 febbraio 2026.

Utilizzo del credito maturato

Il credito d’imposta riconosciuto può essere utilizzato esclusivamente in compensazione tramite modello F24, attraverso i servizi telematici messi a disposizione dall’Agenzia delle Entrate. Non è ammesso il rimborso diretto né la cessione a terzi, salvo specifiche deroghe normative.

L’utilizzo in compensazione può avvenire a partire dal giorno successivo alla pubblicazione del provvedimento dell’Agenzia che comunica la percentuale di credito effettivamente fruibile. Per il contributo aggiuntivo relativo agli investimenti 2025, l’utilizzo è consentito dal 26 maggio 2026 fino al 31 dicembre dello stesso anno.

Il credito non trova applicazione dei limiti generali di compensazione pari a 250.000 euro annui previsti per i crediti d’imposta agevolativi indicati nel quadro RU della dichiarazione dei redditi. Una deroga specifica che facilita l’utilizzo anche per gli investimenti di importo elevato.

L’eventuale presa in carico delle operazioni di versamento tramite F24 può essere rifiutata dal sistema in caso di irregolarità formali o di superamento dei limiti previsti. Una forma di controllo preventivo che blocca l’utilizzo improprio già in fase di esecuzione.