Da alcuni mesi, gli operatori nel comparto trasporti e movimentazione merci hanno accesso a un nuovo regime fiscale. L’Agenzia delle Entrate, attraverso due distinte comunicazioni pubblicate tra settembre e ottobre 2025, ha fornito chiarimenti decisivi sul trattamento contabile di questa soluzione transitoria. Si tratta di una disciplina ancora in fase di stabilizzazione, pensata come trampolino verso il reverse charge integrale una volta ottenuto l’ok dell’Unione Europea.

Il contesto: da dove nasce l’opzione IVA logistica

L’articolo 1, commi 59 e seguenti, della Legge di Bilancio 2025 ha introdotto una facoltà rivolta a prestatori di servizi e committenti operanti in questo settore. Prima di questa novità, la responsabilità del versamento dell’IVA gravava interamente sul fornitore. Ora, le parti possono accordarsi diversamente: il cliente assume l’onere di versare direttamente il tributo per conto del prestatore. Il provvedimento direttoriale numero 309107/2025 dell’Agenzia, datato 28 luglio, ha reso operativa questa possibilità dal 30 luglio 2025 stesso.

Come si attiva l’accordo tra le parti

La scelta non rappresenta un automatismo. Richiede un atto volontario e concordato tra chi fornisce la prestazione e chi la riceve. A ciò provvede una comunicazione telematica inoltrata all’Amministrazione finanziaria utilizzando un modulo predisposto. Il software di compilazione, gratuitamente messo a disposizione dall’Agenzia, si chiama appunto “ReverseChargeLogistica” ed è disponibile dal 30 luglio nel portale dell’ente.

L’opzione non è perpetua. Ha validità per tre anni a partire dalla data della trasmissione della comunicazione. Nel caso di mancata trasmissione del modello o di errori formali, il regime non scatta. Secondo quanto precisato nella risoluzione numero 47/E del 28 luglio 2025, occorre versare mediante il modulo F24 utilizzando il codice tributo 6045, denominato “IVA – inversione contabile settore logistica – regime opzionale di cui all’articolo 1, comma 59, della legge 30 dicembre 2024, n. 207”.

La comunicazione può interessare uno o più contratti simultaneamente. Se tra le stesse parti sussistono più rapporti, è permesso compilare un’unica istanza con moduli ripetuti per ciascun contratto. Analogamente, l’opzione si estende ai rapporti tra appaltatore e subappaltatore, dove il regime si applica ricorsivamente.

Cosa dice la fattura in regime di opzione IVA logistica

Nel momento in cui il prestatore emette la fattura, deve indicare l’importo imponibile, l’aliquota e l’ammontare dell’imposta secondo le regole ordinarie previste dall’articolo 21 del Decreto del Presidente della Repubblica 633/1972. A differenza della prassi standard, però, la fattura deve contenere un’annotazione specifica. È obbligatorio scrivere: “Opzione IVA a carico del committente ex articolo 1, comma 59, legge n. 207 del 2024”. Questa dicitura non è opzionale. Serve a evidenziare che il tributo non sarà versato dal fornitore bensì dall’acquirente.

Per le aziende che gestiscono i flussi tramite software di gestione documentale, è possibile valorizzare nei dati XML del file della fattura elettronica (trasmessa via Sistema di Interscambio) il campo relativo al codice logistica. Taluni sistemi permettono di inserire anche il numero del protocollo telematico della comunicazione dell’opzione e la data corrispondente, così da garantire tracciabilità e correlazione tra i documenti.

Registrazione nei registri IVA: prestatore e committente

La questione più delicata riguarda come le due parti devono annotare l’operazione nei propri registri tributari. Qui entrano in gioco regole distinte e complementari.

Il prestatore del servizio rimane tenuto a registrare la fattura nel registro delle vendite secondo l’articolo 23 del DPR 633/1972. La registrazione deve essere distinta rispetto a quella delle fatture ordinarie. L’IVA che compare in fattura – pur essendo indicata – non concorre al calcolo della liquidazione periodica né alla dichiarazione annuale del fornitore. Non è versata da lui, non è compensabile, e quindi non incide sui saldi mensili o sulla dichiarazione dei redditi con riporto di credito o debito.

Accade qui qualcosa di atipico nel sistema tributario: l’IVA è esposta ma ignorata dal punto di vista liquidativo da parte di chi l’ha inizialmente calcolata. Questo comporta che alcuni dati della contabilità generale risulteranno sfalsati rispetto ai registri IVA se non viene gestito con cura il nesso.

Il committente, dal canto suo, ha un ruolo opposto ma simmetrico. È tenuto a registrare le fatture ricevute nel registro degli acquisti conformemente all’articolo 25 del medesimo decreto. La registrazione serve a esercitare il diritto di detrazione dell’IVA versata. Sebbene il fornitore non abbia versato nulla direttamente all’erario, il committente si trova nella posizione di compratore e quindi può recuperare l’imposta secondo le regole ordinarie.

Il versamento mediante F24 e i codici tributo

Entro il sedicesimo giorno del mese successivo a quello di emissione della fattura, il committente deve versare l’imposta indicata. Non esiste margine di differimento né di compensazione con altri tributi. Il versamento avviene mediante il modulo F24 nel campo destinato al fisco generale (erario). Il codice tributo da adoperare è il 6045 che l’Agenzia ha istituito appositamente.

A questo si aggiunge un ulteriore elemento tecnico: nella compilazione del modulo F24, va indicato il codice identificativo “66” nel campo dedicato al soggetto solidalmente responsabile. Accanto a questo codice, deve figurare il codice fiscale del prestatore o del subappaltatore. Questo meccanismo consente all’Amministrazione di tracciare chi sia effettivamente responsabile dell’adempimento, giacché malgrado il versamento sia effettuato dal committente, il fornitore resta solidalmente vincolato per il debito tributario. Se il committente non versa, l’erario può riscuotere dal prestatore.

Con la risoluzione numero 53/E del 7 ottobre 2025, l’Agenzia ha istituito proprio il codice identificativo 66 denominato “Soggetto solidalmente responsabile inversione contabile IVA logistica” per razionalizzare questo aspetto.

La comunicazione LIPE e il rigo VP4

Quando si compila la dichiarazione IVA annuale, occorre prestare attenzione a un dettaglio. L’importo dell’IVA esposto nelle fatture emesse in regime di opzione non deve confluire nel rigo VP4 “IVA esigibile” della comunicazione LIPE (Liquidazione Periodica IVA). Tale rigo accoglie soltanto le imposte che il soggetto ha effettivamente versato o che concorrono al suo debito tributario. Poiché l’IVA in questione è stata assunta dal committente, non figura nella liquidazione del prestatore.

In assenza di indicatori chiari che l’opzione sia stata esercitata, l’Agenzia sottolinea che potrebbe considerare l’IVA come parte del debito ordinario del fornitore. Questo rappresenta un rischio operativo per chi non documenti adeguatamente l’adesione al regime. Pertanto, conservare copia della comunicazione telematica di opzione e della ricevuta di ricezione diventa essenziale a fini difensivi.

Validità dell’opzione indipendentemente dalla forma della fattura

Una precisazione importante proviene dalla FAQ pubblicata il 10 settembre 2025. L’Agenzia dichiara che le modalità tecniche di compilazione della fattura, le annotazioni nei registri, persino il valore nel tracciato XML della fattura elettronica – pur essendo importanti e opportuni – non sono condizioni per la validità dell’opzione stessa. L’opzione si perfeziona e si considera effettuata dal momento della trasmissione del modulo di comunicazione al portale dell’Amministrazione. La data che conta è quella di ricezione della comunicazione, non quella di emissione della fattura.

Questo significa che un errore formale nella fattura non comporta la perdita della protezione offerta dal regime. Tuttavia, rimane comunque prudente mantenere una compilazione corretta per evitare accertamenti e discussioni con gli uffici.

Subappalto: il regime si estende a cascata

Una questione di cui spesso si tralascia di parlare riguarda le catene di fornitura. L’opzione si applica anche nei rapporti tra appaltatore e subappaltatore. Se l’impresa appaltatrice sceglie di optare per questo regime nei confronti di un subappaltatore, il medesimo meccanismo si ripete. Il subappaltatore emette fattura al suo committente (l’appaltatore), che a sua volta versa l’IVA entro i termini ordinari. Successivamente, l’appaltatore pagherà a sua volta l’IVA dovuta dall’importo fatturato al cliente finale. Si crea così una catena dove ciascun anello opera secondo lo stesso schema.

La responsabilità solidale si estende: il subappaltatore rimane responsabile insieme all’appaltatore per le imposte dovute, così come l’appaltatore rimane responsabile nei confronti del cliente committente. Questo crea una continuità di vincoli che rende critico il corretto adempimento in ogni fase.

Aspetti ancora aperti e opportunità di chiarimento

Sebbene l’Agenzia abbia fornito linee guida piuttosto articolate, alcuni profili rimangono ancora oggetto di interpretazione o di prassi amministrativa non completamente stabilizzata. Ad esempio, il trattamento del regime in caso di rettifiche o note di credito non è stato pienamente esplorato. Come si comporta un’autofattura di rettifica? Deve anch’essa riportare l’annotazione speciale? Quale data di versamento ha effetto se la rettifica è successiva?

Inoltre, il regime transitorio è condizionato all’approvazione dell’Unione Europea per il riconoscimento del reverse charge pieno. Nel frattempo, sussiste il rischio che la normativa cambi o che l’Agenzia fornisca ulteriori specifiche. Gli operatori farebbero bene a monitorare con costanza le comunicazioni dell’ente.

Nella pratica professionale si osserva una certa cautela ancora diffusa nei confronti di questo strumento. Taluni committenti preferiscono non adottarlo per evitare complicazioni gestionali. L’opzione rimane su base volontaria ed entrambe le parti devono trovarsi d’accordo. Se uno solo dei due operatori nutre dubbi, l’operazione prosegue secondo lo schema tradizionale.

Riepilogo operativo per chi implementa il regime

Per i prestatori:

1. Verificare l’avvenuta trasmissione della comunicazione di opzione al portale dell’Agenzia
2. Emettere fattura ordinaria indicando imponibile, aliquota e importo dell’imposta
3. Annotare chiaramente: “Opzione IVA a carico del committente ex articolo 1, comma 59, legge n. 207 del 2024”
4. Registrare la fattura separatamente nel registro vendite
5. Escludere l’IVA dalla liquidazione periodica e dalla dichiarazione annuale
6. Conservare documentazione della comunicazione di opzione

Per i committenti:

1. Trasmettere congiuntamente la comunicazione di opzione utilizzando il software ReverseChargeLogistica
2. Ricevere copia della ricevuta di trasmissione dall’Agenzia
3. Registrare le fatture nel registro acquisti per esercitare la detrazione
4. Calcolare il versamento dell’IVA entro il sedicesimo giorno del mese successivo
5. Compilare il modulo F24 con codice tributo 6045 e codice identificativo 66 del prestatore
6. Non compensare l’importo con altri crediti tributari
7. Includere i dati nella comunicazione LIPE escludendo però dal rigo VP4 le imposte in regime opzionale

Conclusioni: verso una transizione normativa

Questa disciplina rappresenta una soluzione transitoria pensata per limitare i rischi di evasione in un settore dove le operazioni si susseguono con rapidità e dove il proliferare di intermediari rende difficile il controllo. Nel medio termine, l’obiettivo è trasformare il regime facoltativo in obbligatorio mediante il reverse charge europeo. Nel frattempo, la normativa italiana consente una riduzione della rischiosità per il committente e un certo grado di semplificazione per chi gestisce operazioni complesse.

La chiave del successo risiede nella consapevolezza e nella corretta documentazione. Operatori che comprendono a fondo il meccanismo e che mantengono tracce precise dei propri adempimenti troveranno che il regime funziona efficacemente. Chi, invece, lo applica in modo approssimativo rischia controlli e rettifiche. L’Agenzia, dal canto suo, continuerà probabilmente a fornire chiarimenti man mano che la casistica si consolida.