Operativo da pochi giorni il nuovo servizio web che permette di correggere – o meglio, integrare – il Codice unico di progetto nelle fatture già trasmesse al Sistema di Interscambio. Una risposta tecnica dell’Agenzia delle Entrate alle criticità emerse nell’applicazione dell’obbligo introdotto dalla normativa PNRR, che dal 1° giugno 2023 impone l’indicazione del CUP sui documenti fiscali relativi a spese agevolate.

Il provvedimento direttoriale n. 563301 del 10 dicembre 2025 delinea una procedura digitale accessibile direttamente dal portale “Fatture e Corrispettivi”, nell’area riservata ai contribuenti. Si tratta, nella pratica, di uno strumento pensato per sanare quelle situazioni – tutt’altro che rare, stando alle segnalazioni degli operatori – in cui il codice progetto risulta assente o inesatto nella documentazione contabile. Situazioni che, senza questa possibilità di intervento successivo, avrebbero richiesto emissioni di note di variazione o, peggio ancora, il rifacimento completo della fattura elettronica.

Il quadro normativo dell’obbligo CUP

Secondo quanto previsto dall’art. 5, comma 6, del D.L. 24 febbraio 2023, n. 13 (convertito con modificazioni dalla legge 21 aprile 2023, n. 41), a decorrere dal 1° giugno 2023 le fatture riguardanti l’acquisizione di beni e servizi connessi a incentivi pubblici destinati alle attività produttive devono necessariamente contenere il Codice unico di progetto. Questo vale per qualsiasi forma di agevolazione erogata da una Pubblica amministrazione, anche quando l’erogazione avvenga tramite soggetti terzi, pubblici o privati.

Il CUP da indicare è quello riportato nell’atto di concessione dell’incentivo, oppure comunicato in fase di assegnazione o richiesta del beneficio stesso. Si tratta di un collegamento diretto tra fatturazione elettronica e monitoraggio degli investimenti pubblici che – va detto – ha generato non poche difficoltà applicative nei primi mesi di vigenza. La Ragioneria Generale dello Stato, con la circolare n. 1 dell’8 gennaio 2025, ha poi fornito ulteriori chiarimenti interpretativi sulla portata dell’obbligo, precisando i perimetri soggettivi e oggettivi di applicazione.

Secondo la RGS, rientrano nell’ambito di applicazione gli incentivi che includono crediti d’imposta, bonus fiscali, concessioni di garanzia, contributi in conto capitale, contributi in conto interessi e finanziamenti agevolati. Restano invece esclusi i trasferimenti alle imprese che costituiscono meri contributi al funzionamento non inseriti in un progetto di investimento pubblico.

Funzionamento del servizio di integrazione

Il nuovo strumento informatico consente al cessionario o committente di aggiungere il CUP anche dopo che la fattura è già stata trasmessa e acquisita dal Sistema di Interscambio. L’operazione non modifica il file XML originario della fattura – aspetto cruciale per non alterare la documentazione fiscale già registrata – ma integra l’informazione in una banca dati separata gestita dall’Amministrazione finanziaria.

Chi può utilizzare il servizio? Innanzitutto il cessionario/committente, cioè l’acquirente dei beni o servizi. Ma è prevista anche l’operatività tramite intermediari delegati, secondo quanto stabilito dall’art. 3, comma 3, del D.P.R. n. 322/1998, purché muniti di delega alla “Consultazione e acquisizione delle fatture elettroniche o dei loro duplicati informatici”. Una facilitazione non da poco per professionisti e studi che gestiscono il ciclo passivo delle fatture per conto dei propri clienti.

L’accesso avviene attraverso le credenziali SPID, CIE, CNS oppure – per chi le possiede ancora – le vecchie credenziali Fisconline o Entratel. Una volta entrati nel portale “Fatture e Corrispettivi”, si procede alla ricerca della fattura da integrare indicando il periodo di riferimento. Le fatture sono raggruppate per trimestri: ad esempio, per una fattura del 15 settembre 2024 occorre selezionare come periodo di inizio il 1° luglio 2024.

Il sistema permette anche di consultare l’elenco completo dei CUP già presenti nelle fatture elettroniche ricevute o aggiunti tramite il servizio stesso. Una funzionalità utile per verificare lo stato di avanzamento della regolarizzazione della documentazione.

Ambito temporale di applicazione

Va precisato subito un elemento fondamentale: il servizio web di integrazione opera esclusivamente sulle fatture con data operazione successiva al 31 maggio 2023. Questa limitazione temporale è coerente con la decorrenza dell’obbligo stesso previsto dal decreto-legge n. 13/2023, che ha fissato l’inizio della vigenza al 1° giugno 2023.

Per le fatture emesse prima di tale data non esiste alcun obbligo di indicazione del CUP, né conseguentemente la possibilità di utilizzare lo strumento di integrazione successiva. Discorso diverso per quelle situazioni – richiamate nella circolare della Ragioneria Generale – in cui l’incentivo ammette spese sostenute anteriormente all’atto di concessione dello stesso: in questi casi l’obbligo del CUP non sussiste, e le amministrazioni titolari delle misure agevolative devono indicare ai beneficiari i documenti alternativi necessari a dimostrare la correlazione tra la spesa sostenuta e il progetto finanziato.

Casistiche operative e situazioni particolari

Nella prassi si presentano diverse configurazioni. Prendiamo il caso di un’impresa manifatturiera che ha ottenuto un contributo per l’acquisto di macchinari nell’ambito del Piano Transizione 4.0. L’azienda riceve una fattura dal fornitore datata 5 luglio 2023, ma il CUP non è stato inserito dal cedente. Oppure il codice indicato risulta errato perché il fornitore ha confuso progetti diversi del medesimo cliente.

Prima del provvedimento di dicembre, l’impresa avrebbe dovuto richiedere al fornitore l’emissione di una nota di variazione o, in alternativa, procedere con complesse autofatture integrative di tipo TD20 secondo le indicazioni della circolare dell’Agenzia delle Entrate n. 14/E del 2019. Ora invece il cessionario/committente può intervenire direttamente dal proprio cassetto fiscale, aggiungendo o correggendo il CUP senza coinvolgere il fornitore.

Altro scenario frequente: un’impresa edile beneficiaria di contributi per interventi di efficientamento energetico che riceve fatture da più fornitori. Alcuni hanno correttamente indicato il CUP, altri no. L’impresa può ora procedere in autonomia alla regolarizzazione selettiva, fattura per fattura, attraverso il portale.

Si consideri inoltre il caso di progetti complessi dove la stessa impresa accede a più incentivi per finanziare tipologie di spesa differenti. In queste situazioni – come precisato dalla RGS – può verificarsi una molteplicità di CUP da gestire, ciascuno riferito a una specifica linea di finanziamento. Il servizio web permette di associare il CUP corretto a ogni singola fattura, garantendo la necessaria tracciabilità delle diverse fonti di finanziamento pubblico.

Vantaggi per imprese e professionisti

La possibilità di integrare il Codice unico di progetto fatture elettroniche a posteriori rappresenta un’evidente semplificazione amministrativa. Per le imprese beneficiarie di agevolazioni elimina quella rigidità che, fino a oggi, ha generato ritardi nei pagamenti e complicazioni nei rapporti con i fornitori. Non serve più attendere la disponibilità del cedente per rettificare errori materiali o integrare informazioni mancanti.

Dal punto di vista della compliance fiscale, il meccanismo consente di allineare perfettamente la documentazione contabile con gli obblighi di tracciabilità imposti dal PNRR e dal Piano Nazionale Complementare. Le pubbliche amministrazioni concedenti gli incentivi possono accedere ai dati delle fatture elettroniche contenenti il CUP attraverso la banca dati prevista dall’art. 13 della legge n. 196/2009, semplificando così i processi di rendicontazione e controllo delle misure agevolative.

Gli intermediari fiscali – commercialisti, consulenti del lavoro, CAF – vedono rafforzato il proprio ruolo di supporto nella gestione degli adempimenti connessi agli incentivi. La delega alla consultazione delle fatture elettroniche si estende anche all’utilizzo del servizio di integrazione del CUP, permettendo ai professionisti di operare in autonomia per conto dei propri assistiti. Questo si traduce in una maggiore efficienza nella gestione del ciclo passivo e nella riduzione dei rischi di non conformità.

Implicazioni per il controllo pubblico delle risorse

Il provvedimento del 10 dicembre 2025 si inserisce in un disegno più ampio di rafforzamento della trasparenza nell’utilizzo delle risorse pubbliche. L’obbligo del CUP nelle fatture elettroniche non risponde solo a esigenze di monitoraggio contabile, ma costituisce uno strumento essenziale per verificare l’effettiva destinazione degli incentivi erogati.

Secondo quanto previsto dall’art. 5, comma 8, del D.L. n. 13/2023, i dati delle fatture elettroniche contenenti il CUP confluiscono nella banca dati centralizzata per il monitoraggio della spesa pubblica. Questo permette alle amministrazioni concedenti di verificare in tempo reale l’utilizzo dei fondi e di semplificare i processi di concessione, assegnazione e gestione degli incentivi stessi.

Il meccanismo di integrazione successiva non deve però essere interpretato come una sorta di sanatoria generalizzata. L’obbligo di indicare il CUP al momento dell’emissione della fattura rimane pienamente vigente. Il servizio web rappresenta piuttosto una “valvola di sicurezza” per correggere errori materiali o situazioni in cui l’informazione non era disponibile al cedente in fase di fatturazione, ma era nota al cessionario/committente beneficiario dell’incentivo.