Con la risposta a interpello n. 65 del 4 marzo 2026, l’Agenzia delle Entrate ha fatto chiarezza su un tema che – nella pratica delle imprese manifatturiere con commesse pluriennali – può creare non pochi grattacapi. Il punto in discussione riguarda la cessione intra-UE e la prova dei 90 giorni: ossia da quale momento preciso decorre il termine per dimostrare che i beni hanno effettivamente raggiunto un altro Stato membro. La risposta, in estrema sintesi, è questa: il contatore parte non dall’emissione delle fatture di acconto per stati avanzamento lavori, bensì dal momento in cui la merce viene consegnata al vettore per il trasporto definitivo all’estero.

La non imponibilità esige il trasporto fisico dei beni

Perché una cessione verso un altro Paese UE possa beneficiare della non imponibilità IVA, occorre rispettare alcune condizioni di fondo. Lo stabilisce l’art. 41, comma 1, lett. a) del D.L. 331/1993: cedente e cessionario devono essere soggetti passivi d’imposta, iscritti al VIES (condizione divenuta requisito sostanziale dal 1° gennaio 2020 per effetto del c.d. “Quick Fixes” recepiti con D.Lgs. 192/2021), l’operazione deve essere onerosa, deve trasferirsi il diritto di proprietà – e soprattutto – i beni devono fisicamente spostarsi verso un altro Stato membro.

Questo ultimo requisito non è un dettaglio formale. L’Agenzia e la stessa giurisprudenza di legittimità lo hanno ribadito più volte: senza l’effettivo transito transfrontaliero non c’è cessione intracomunitaria. E se non c’è cessione intracomunitaria, la fattura emessa senza IVA è illegittima.

La riforma delle sanzioni: il D.Lgs. 87/2024

Prima della riforma fiscale del 2024, il mancato invio dei beni in un altro Stato membro entro 90 giorni dalla consegna non aveva una sanzione specifica dedicata alle cessioni intra-UE: si applicavano in via interpretativa le disposizioni generali sull’emissione di fatture irregolari. L’art. 2 del D.Lgs. 14 giugno 2024, n. 87 ha cambiato le cose, modificando l’art. 7 del D.Lgs. n. 471/1997.

Il nuovo testo prevede una sanzione pari al 50% dell’IVA non addebitata, nei casi in cui il trasporto è curato dal cessionario (o da terzi per suo conto) e il bene non risulta arrivato nel Paese di destinazione entro 90 giorni dalla consegna. La norma è modellata su quanto già esisteva per le esportazioni indirette ex art. 8, comma 1, lett. b) DPR 633/1972, ed era attesa da tempo per ragioni di coerenza sistematica.

C’è però una via d’uscita. Se entro i 30 giorni successivi alla scadenza il cedente emette nota di debito e versa l’imposta, la sanzione non si applica. Un’opportunità da non perdere, anche se ovviamente comporta un esborso temporaneo di liquidità. Resta ferma, in ogni caso, la possibilità di ricorrere al ravvedimento operoso ex art. 13 D.Lgs. 472/1997 qualora la regolarizzazione spontanea avvenga prima di qualsiasi attività di controllo da parte dell’Amministrazione finanziaria.

Il caso concreto: generatori di vapore e fatture milestone

La società istante – chiamiamola Alfa – produce complessi generatori di vapore per un committente comunitario (Gamma), che a sua volta li destinerà all’impianto di un cliente finale extra-UE (Delta, con sede in Svizzera). Si tratta di una commessa pluriennale: la costruzione richiede anni di lavoro, con componentistica in parte fornita da Gamma stessa.

Nel corso del progetto, Alfa emette fatture periodiche collegate a diversi ‘milestone’ contrattuali. Ogni milestone rappresenta uno stato di avanzamento lavori (SAL), e a ciascuna fase il contratto prevede il formale trasferimento della proprietà a Gamma. Il problema è che i beni, fisicamente, restano negli stabilimenti italiani di Alfa – devono ancora essere lavorati, assemblati e collaudati, prima di poter essere spediti.

Dal momento che le fatture vengono emesse senza IVA (come cessioni intracomunitarie), si pone il dubbio: i 90 giorni per la prova dell’avvenuta cessione decorrono già dalla data di ciascuna fattura di acconto? O solo quando il bene viene effettivamente consegnato al vettore per il trasporto finale?

Quando si considera effettuata la cessione intra-UE

Qui entra in gioco l’art. 39 del D.L. 331/1993, che disciplina il momento di effettuazione delle cessioni intracomunitarie. La regola generale è che l’operazione si considera effettuata all’inizio del trasporto – ovvero quando i beni vengono consegnati al cessionario o al vettore incaricato. Se invece la fattura viene emessa prima dell’inizio del trasporto, l’operazione si considera effettuata – limitatamente all’importo fatturato – alla data della fattura.

Ma attenzione – ed è qui il punto chiave della risposta n. 65 – l’Agenzia distingue nettamente tra il trasferimento formale della proprietà (che avviene a ogni milestone) e il momento in cui la proprietà può considerarsi concretamente trasferita ai fini IVA. I pagamenti periodici, pur essendo collegati a singoli SAL, assumono la natura di acconti sul prezzo complessivo: la disciplina applicabile è quella degli anticipi di cui all’art. 39, terzo comma, del D.L. 331/1993, che fa decorrere l’imposizione IVA dalla fattura ma non cristallizza il termine dei 90 giorni finché non vi sia un bene concretamente trasportabile. Il bene, nella sua completezza, non è ancora nelle condizioni di essere spedito. La proprietà effettiva – secondo l’Agenzia – si trasferisce davvero solo quando il bene è pronto per la spedizione e viene consegnato al vettore.

I 90 giorni per la prova del trasporto: da quando decorrono

La conclusione operativa è chiara: il termine di 90 giorni per acquisire la prova dell’arrivo nel Paese di destinazione decorre dalla data di consegna della merce al vettore per il trasporto definitivo nell’altro Stato membro. Non dalla data delle fatture di acconto, non dalla data in cui la proprietà formale viene trasferita contrattualmente a ogni SAL.

Ciò significa che le imprese coinvolte in commesse di lunga durata non rischiano la sanzione durante tutta la fase di lavorazione. Il rischio scatta solo quando il bene – finalmente completato – viene preso in carico dal trasportatore. Da quel momento, il cedente ha 90 giorni per procurarsi la documentazione necessaria: DDT, lettera di vettura internazionale (CMR), o altra prova idonea secondo le indicazioni della circolare 12/E del 12 maggio 2020 – che ha recepito la presunzione relativa introdotta dal Regolamento UE 2018/1912 – e della normativa unionale (art. 45-bis Reg. UE n. 282/2011).

Cosa succede se la prova non arriva in tempo

Se i 90 giorni trascorrono senza che il cedente abbia acquisito documentazione sufficiente, scatta la sanzione del 50% dell’IVA non addebitata, ai sensi dell’art. 7 del D.Lgs. n. 471/1997 come modificato dal D.Lgs. 87/2024. Nella prassi, non è un importo trascurabile – specie per operazioni di importo elevato come quelle qui descritte.

Il cedente ha però ancora una finestra di 30 giorni per rimediare: emette nota di debito, versa l’imposta e la sanzione non si applica. Se poi, in un momento successivo, riesce a procurarsi la prova dell’effettiva uscita dei beni dal territorio nazionale, può recuperare l’IVA versata in due modi:

• tramite nota di variazione in diminuzione ai sensi dell’art. 26, comma 3, del DPR 633/1972 – da emettersi nei confronti del cessionario UE entro il termine di presentazione della dichiarazione IVA relativa all’anno in cui si è verificato il presupposto per la rettifica;

• oppure con richiesta di rimborso ex art. 30-ter del DPR 633/1972, entro il termine biennale dalla data del versamento indebito.

La Corte di Giustizia UE (sentenza 19 dicembre 2013, causa C-563/12, BDV Hungary Trading Kft.) ha peraltro sancito con chiarezza che gli Stati membri non possono far decadere il diritto alla non imponibilità per il solo fatto che la prova del trasferimento sia arrivata in ritardo: il principio di neutralità fiscale impone di garantire l’esenzione anche quando la documentazione probatoria viene acquisita dopo la scadenza del termine, purché sia certa l’effettiva uscita dei beni.

Schema riepilogativo delle fasi e dei relativi effetti IVA