La sentenza n. 5627/2026 del Consiglio di Stato ha escluso che il Manuale di Frascati 2015 possa essere applicato retroattivamente al credito d’imposta per ricerca e sviluppo maturato dal 2015 al 2019. La pronuncia rafforza la posizione delle imprese coinvolte in dinieghi di certificazione e in contenziosi ancora pendenti, ma non determina automaticamente il rimborso delle somme riversate. Per chi ha aderito alla procedura di riversamento spontaneo, l’eventuale domanda restitutoria richiede un’attenta verifica della posizione individuale, dei versamenti eseguiti, dell’assenza di preclusioni e del termine biennale previsto per le istanze di rimborso.
La sentenza e il suo perimetro
Il Consiglio di Stato ha respinto l’appello del MIMIT e dell’Agenzia delle Entrate, confermando che i criteri del Manuale di Frascati non sono utilizzabili retroattivamente per qualificare le attività di ricerca e sviluppo svolte nel periodo 2015-2019. I cinque criteri OCSE assumono rilievo nella disciplina del credito d’imposta introdotta dalla legge 160/2019, applicabile dal periodo d’imposta successivo a quello in corso al 31 dicembre 2019.
La pronuncia non equivale, tuttavia, a un riconoscimento generalizzato del credito per tutte le imprese che hanno effettuato il riversamento. Resta necessaria una verifica analitica del progetto, delle spese, della documentazione disponibile e della concreta ragione per la quale il credito era stato ritenuto non spettante. Il precedente è particolarmente significativo quando la contestazione, il diniego di certificazione o la scelta di riversare dipendano dall’applicazione dei parametri Frascati a fatti anteriori al 2020.
Riversamento spontaneo e rimborso
La procedura di riversamento spontaneo è disciplinata dall’art. 5, commi da 7 a 12, del D.L. 146/2021. Essa consente, in presenza dei requisiti previsti dalla norma, di regolarizzare il credito ricerca e sviluppo indebitamente utilizzato in compensazione senza sanzioni e interessi e con l’esclusione della punibilità prevista dall’art. 10-quater del D.Lgs. 74/2000.
La disciplina non contiene un’espressa disposizione di irripetibilità delle somme riversate. Questo dato, da solo, non basta però a fondare una pretesa restitutoria certa. L’impresa che intenda chiedere il rimborso deve dimostrare che il pagamento è stato effettuato in assenza del presupposto sostanziale dell’indebito utilizzo del credito e che, applicando la disciplina vigente nel periodo agevolato, il credito era in tutto o in parte spettante.
L’eventuale domanda restitutoria può essere ricondotta all’istanza di rimborso per versamento diretto prevista dall’art. 21, comma 2, del D.Lgs. 546/1992. La qualificazione giuridica della fattispecie e il dies a quo del termine meritano comunque una valutazione prudenziale, soprattutto quando il pagamento sia avvenuto nell’ambito di una procedura speciale di regolarizzazione e non in esecuzione di un ordinario atto impositivo.
Il termine biennale
In via prudenziale, l’istanza di rimborso deve essere presentata entro due anni dalla data di ciascun versamento eseguito. In caso di riversamento rateale, appare quindi opportuno calcolare autonomamente il termine per ogni rata, senza attendere il completamento della rateazione.
| Situazione | Valutazione operativa | Termine o criticità |
|---|---|---|
| Riversamento integralmente perfezionato | Valutare un’istanza di rimborso, documentando la spettanza originaria del credito e l’incidenza della sentenza sulla specifica posizione. | Due anni dalla data di ogni versamento, secondo l’impostazione prudenziale dell’art. 21, comma 2, D.Lgs. 546/1992. |
| Rateazione ancora in corso | Non interrompere autonomamente il pagamento. Occorre verificare se completare il riversamento e presentare l’istanza restitutoria, preservando gli effetti premiali della procedura. | Per la riapertura del 2025, la terza rata scade il 16 dicembre 2026. |
| Contenzioso tributario pendente | Produrre la sentenza del Consiglio di Stato e dedurne la rilevanza rispetto ai presupposti normativi applicabili al progetto agevolato. | La deduzione difensiva è possibile nel rispetto delle preclusioni processuali del grado di giudizio. |
| Diniego di certificazione MIMIT | Valutare l’impugnazione davanti al giudice amministrativo oppure, se ne ricorrono i presupposti, il riesame in autotutela. | Il ricorso al TAR è soggetto, in via ordinaria, al termine di 60 giorni dalla notificazione o piena conoscenza dell’atto. |
| Atto di recupero definitivo | Esaminare l’autotutela, distinguendo l’errore manifesto dalla necessità di una nuova valutazione tecnica o giuridica. | L’autotutela non è un rimedio sostitutivo dell’impugnazione e il suo esercizio resta rimesso all’Amministrazione. |
Le rate in scadenza
La riapertura dei termini prevista dall’art. 19 del D.L. 25/2025 ha consentito di presentare l’istanza entro il 3 giugno 2025 e di effettuare il pagamento in un’unica soluzione entro la stessa data oppure in tre rate di pari importo, scadenti il 3 giugno 2025, il 16 dicembre 2025 e il 16 dicembre 2026. Sulla seconda e sulla terza rata sono dovuti gli interessi legali.
Il mancato pagamento anche di una sola rata impedisce il perfezionamento della procedura. Ne consegue il recupero dell’importo residuo secondo le regole ordinarie, con applicazione di sanzioni e interessi. Per questa ragione, la mera sopravvenienza della sentenza n. 5627/2026 non sembra sufficiente a giustificare la sospensione unilaterale del pagamento dell’ultima rata.
La condotta più cauta, per le imprese che intendano preservare gli effetti della regolarizzazione, è completare la rateazione e presentare separatamente l’istanza di rimborso, motivandola con la spettanza originaria del credito alla luce della disciplina applicabile al periodo 2015-2019. Resta essenziale valutare il caso concreto, anche sotto il profilo dell’eventuale rilevanza penale e della documentazione tecnica disponibile.
Silenzio dell’Amministrazione
Se l’Agenzia delle Entrate non accoglie l’istanza di rimborso, il contribuente può impugnare il diniego espresso oppure il silenzio-rifiuto dinanzi alla Corte di giustizia tributaria di primo grado. Ai fini del silenzio-rifiuto, l’art. 21, comma 2, del D.Lgs. 546/1992 richiede che siano trascorsi novanta giorni dalla presentazione della domanda.
Il ricorso contro il silenzio-rifiuto non è soggetto a un termine di decadenza breve, ma deve essere proposto entro il termine prescrizionale del diritto al rimborso. Rimane comunque preferibile non ritardare l’iniziativa processuale, sia per contenere l’incertezza sia per evitare difficoltà probatorie legate alla ricostruzione dei progetti e delle spese risalenti.
Cautele probatorie
L’istanza non dovrebbe limitarsi a richiamare la sentenza del Consiglio di Stato. Occorre ricostruire il credito per ciascun periodo d’imposta e dimostrare che le attività erano ammissibili in base all’art. 3 del D.L. 145/2013 e al D.M. 27 maggio 2015, senza sovrapporre le definizioni introdotte successivamente dalla legge 160/2019.
È opportuno allegare o rendere immediatamente disponibili la relazione tecnica, la documentazione progettuale, i contratti, i documenti di spesa, i prospetti di calcolo del credito, le dichiarazioni fiscali, i modelli F24, l’istanza di riversamento e le quietanze di pagamento. Occorre inoltre individuare con precisione il nesso tra l’adesione al riversamento e l’erronea applicazione retroattiva dei criteri del Manuale di Frascati.
Conclusioni operative
La sentenza n. 5627/2026 offre un argomento difensivo di particolare rilievo per il credito ricerca e sviluppo 2015-2019, ma non introduce una procedura automatica di rimborso per i riversamenti già eseguiti. L’impresa deve verificare, caso per caso, se il credito era effettivamente spettante secondo la disciplina allora vigente e se il pagamento possa essere qualificato come indebito.
In presenza di versamenti già effettuati, occorre monitorare il termine biennale dell’istanza di rimborso. In presenza di rateazioni non concluse, appare prudente evitare omissioni di pagamento che compromettano il perfezionamento della procedura, valutando contestualmente la predisposizione di una domanda restitutoria completa e adeguatamente documentata.
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