L’Agenzia delle Entrate ha fornito importanti chiarimenti interpretativi sulla cumulabilità ZES Unica e Transizione 5.0 attraverso una serie di risposte di prassi che delineano il nuovo scenario operativo per le imprese del Mezzogiorno. Le comunicazioni n. 168/2025, n. 183/2025 e n. 37/2025 rappresentano un punto di svolta nella gestione coordinata degli incentivi fiscali, dopo mesi di incertezze applicative che avevano frenato molte iniziative imprenditoriali. Il quadro normativo emerso dalle interpretazioni ufficiali conferma la possibilità di cumulo tra i due strumenti agevolativi, ma introduce vincoli procedurali e sostanziali che richiedono un approccio metodico nella pianificazione degli investimenti. La convergenza tra la disciplina della ZES Unica (articolo 16 del decreto-legge 124/2023) e quella del credito Transizione 5.0 (articolo 38 del decreto-legge 19/2024) genera un sistema complesso di interazioni che merita un’analisi sistematica.

Quadro normativo di riferimento e modifiche introdotte

La Legge di Bilancio 2025 ha modificato sostanzialmente l’articolo 38, comma 18, del decreto-legge 19/2024, eliminando il divieto di cumulo precedentemente vigente. L’intervento normativo ha consentito l’applicazione congiunta del credito Transizione 5.0 con il credito ZES Unica, purché vengano rispettati i vincoli derivanti dalla normativa europea sugli aiuti di Stato.

Il nuovo comma 18 stabilisce che il credito Transizione 5.0 può essere cumulato “con altre agevolazioni finanziate con risorse nazionali che abbiano ad oggetto i medesimi costi, a condizione che tale cumulo non superi il costo sostenuto”. Tale formulazione richiede particolare attenzione nell’applicazione pratica, considerando che entrambi gli incentivi sono soggetti a diverse discipline europee di riferimento.

Secondo quanto chiarito dall’Agenzia delle Entrate nella risposta 168/2025, il cumulo opera “nei limiti del costo totale ammissibile” e richiede “una documentazione chiara e coerente” per evitare sovrapposizioni agevolative. Quest’ultimo aspetto risulta particolarmente delicato nella fase di controllo amministrativo, dove l’assenza di una contabilità analitica adeguata può comportare la decadenza dai benefici.

Meccanismi operativi del cumulo: metodologie di calcolo

L’applicazione congiunta dei due crediti d’imposta segue una logica sequenziale che privilegia l’ordine temporale delle comunicazioni all’Agenzia delle Entrate. Nella prassi amministrativa si sta consolidando un approccio che prevede l’applicazione prioritaria del credito con aliquota più elevata, per poi calcolare il secondo incentivo sulla quota residua dell’investimento.

La metodologia di calcolo può essere esemplificata attraverso il seguente schema operativo: per un investimento di 1.000.000 di euro in una piccola impresa ubicata in area ZES, l’applicazione del credito ZES Unica al 60% genera un beneficio di 600.000 euro. La quota residua di 400.000 euro può essere oggetto del credito Transizione 5.0 al 45%, per ulteriori 180.000 euro di agevolazioni, raggiungendo complessivamente 780.000 euro di benefici fiscali.

Tuttavia, è opportuno notare che tale approccio richiede il rispetto di stringenti vincoli documentali. L’impresa deve dimostrare che le spese agevolate con ciascun credito sono chiaramente identificabili e non sovrapposte, attraverso una contabilità analitica che evidenzi la destinazione specifica di ogni componente dell’investimento.

Profili procedurali: coordinamento delle comunicazioni

Le procedure di accesso ai due incentivi presentano tempistiche e modalità differenziate che richiedono un coordinamento strategico. Per il credito ZES Unica 2025, la comunicazione deve essere presentata tra il 31 marzo e il 30 maggio 2025, seguita da una comunicazione integrativa tra il 18 novembre e il 2 dicembre 2025.

Il credito Transizione 5.0 segue invece le procedure gestite dal GSE, con comunicazioni che devono essere coordinate temporalmente per evitare sovrapposizioni. La risposta 168/2025 chiarisce che per la ZES Unica, la verifica della dimensione aziendale – determinante per l’aliquota applicabile – avviene al momento della comunicazione integrativa, non in quella originaria.

Tale differimento temporale può generare situazioni applicative complesse, specialmente per le imprese che attraversano processi di crescita dimensionale nel corso del 2025. L’amministrazione finanziaria ha precisato che la dimensione rilevante è quella risultante dal bilancio 2024 approvato prima della comunicazione integrativa.

Vincoli sugli investimenti immobiliari: interpretazione restrittiva

La risposta 183/2025 conferma i limiti quantitativi per la componente immobiliare degli investimenti ZES Unica. Il valore agevolabile di terreni e fabbricati non può superare il 50% dell’investimento complessivo, configurando un sistema di “investimenti misti” dove la componente immobiliare deve risultare complementare a quella in beni strumentali.

L’interpretazione amministrativa si è orientata verso una valutazione stringente del requisito di complementarietà. Non sono ammessi progetti dove la componente immobiliare risulti prevalente o autonoma rispetto all’attività produttiva. Nel calcolo del 50% rientrano anche i costi accessori: spese notarili, imposte di registro e trascrizione, oltre alle spese capitalizzate per ammodernamento o ampliamento.

La giurisprudenza di legittimità ha chiarito che il nesso di strumentalità deve essere “diretto e immediato”, escludendo investimenti immobiliari che presentino carattere speculativo o di mero investimento patrimoniale. Questa interpretazione restrittiva richiede particolare attenzione nella fase di progettazione degli investimenti.

Gestione delle cessioni: rideterminazione automatica del credito

Il documento di prassi 37/2025 introduce una significativa semplificazione procedurale per la gestione delle cessioni di beni agevolati. In caso di dismissione o cessione parziale, il credito d’imposta per investimenti nel Mezzogiorno si riduce automaticamente, senza necessità di rettificare il modello CIM17.

La procedura semplificata prevede l’indicazione dell’importo corretto nel quadro RU della dichiarazione dei redditi. Questa modalità operativa rappresenta un’evoluzione rispetto al regime precedente, che richiedeva complesse procedure di rettifica. Gli errori nell’indicazione del credito possono essere corretti mediante dichiarazione integrativa “a sfavore”, secondo l’articolo 2, comma 8, del DPR 322/1998.

Tuttavia, la rideterminazione automatica comporta implicazioni fiscali immediate che devono essere valutate nella pianificazione delle operazioni aziendali. La perdita del beneficio può infatti impattare significativamente sulla posizione fiscale complessiva dell’impresa.

Vincoli europei e conformità PNRR: principi applicativi

Il credito Transizione 5.0, essendo finanziato con risorse del Piano Nazionale di Ripresa e Resilienza, è soggetto ai stringenti vincoli europei in materia di agevolazioni pubbliche. Il principio del divieto di doppio finanziamento opera in modo che “il costo di un investimento non può essere rimborsato più volte tramite diverse fonti di finanziamento pubblico”.

Particolare rilevanza assume il principio DNSH (Do No Significant Harm), che impone ai progetti di non arrecare danni significativi all’ambiente. Le linee guida per la rendicontazione del PNRR confermano l’impossibilità di finanziare la stessa voce di costo con più fondi europei, creando un sistema di vincoli incrociati che richiede attenta valutazione.

Nell’esperienza applicativa, il rispetto di questi principi richiede la predisposizione di un sistema documentale articolato, che dimostri la conformità ambientale degli investimenti e l’assenza di sovrapposizioni finanziarie. Le amministrazioni competenti hanno sviluppato check-list specifiche per la verifica di conformità.

Strategie operative per la cumulabilità ZES Unica e Transizione 5.0

La gestione ottimale del cumulo richiede un approccio strategico che consideri diversi fattori: l’ordine temporale delle comunicazioni, la suddivisione analitica degli investimenti, la documentazione delle spese e il coordinamento con altre agevolazioni eventualmente applicabili.

È necessario sviluppare una pianificazione fiscale integrata che consideri l’impatto complessivo sulla posizione tributaria dell’impresa. La convenienza economica del cumulo va valutata considerando non solo l’ammontare dei benefici ottenibili, ma anche i costi di compliance e i rischi connessi al mancato rispetto dei vincoli procedurali.

Le imprese devono inoltre considerare l’interazione con altre misure agevolative applicabili, come i crediti d’imposta Industria 4.0, verificando che l’insieme delle agevolazioni non ecceda i limiti previsti dalla disciplina europea sugli aiuti di Stato.

Criticità applicative e profili di rischio

L’analisi della prassi applicativa evidenzia alcune criticità ricorrenti nella gestione del cumulo. In primo luogo, la complessità delle procedure di comunicazione può generare errori formali che comportano la decadenza dai benefici. La documentazione richiesta è particolarmente articolata e richiede competenze specialistiche per la corretta compilazione.

Un secondo profilo di rischio riguarda la valutazione della dimensione aziendale e delle soglie di investimento. Le modifiche nella struttura societaria o nei parametri dimensionali possono influenzare l’ammontare dei crediti spettanti, richiedendo aggiornamenti delle comunicazioni già presentate.

Infine, la coordination tra le diverse amministrazioni competenti (Agenzia delle Entrate, GSE, MIMIT) può generare disallineamenti interpretativi che creano incertezze operative per le imprese. È opportuno mantenere un dialogo costante con gli uffici competenti per garantire la conformità delle procedure adottate.