L’emanazione dell’art. 1, commi 485-491 della Legge n. 207/2024 ha esteso sino al 31 dicembre 2025 i benefici fiscali disciplinati dall’art. 16 del D.L. n. 124/2023, relativo agli investimenti in beni strumentali realizzati nella Zona Economica Speciale unica. La disciplina vigente, integrata dalle disposizioni attuative contenute nel D.M. 17 maggio 2024, ha strutturato un complesso sistema procedurale finalizzato a garantire la tracciabilità delle spese ammissibili e la corretta quantificazione del credito d’imposta spettante. In tale contesto, l’adempimento della certificazione del prospetto ZES assume rilevanza centrale nel ciclo di riconoscimento dell’agevolazione tributaria.

Termine di trasmissione della comunicazione integrativa e requisiti di ammissibilità

A decorrere dal 18 novembre 2025 e sino al 2 dicembre 2025 (termine di decadenza non prorogabile), le imprese beneficiarie di investimenti in beni strumentali nella ZES unica sono tenute a trasmettere all’Agenzia delle Entrate, secondo le modalità previste dal modello di comunicazione integrativa, una comunicazione attestante l’effettiva realizzazione degli investimenti inizialmente indicati nella comunicazione per la fruizione del credito, trasmessa nel periodo dal 31 marzo al 30 maggio 2025.

La trasmissione della comunicazione integrativa risulta condizionata al preventivo soddisfacimento di due requisiti cumulativi: i) il completamento della totalità degli investimenti agevolabili entro il 15 novembre 2025; ii) l’acquisizione della certificazione contabile del revisore legale, secondo quanto disposto dal comma 14 dell’art. 7 del D.M. 17 maggio 2024.

Natura e contenuti della certificazione contabile: riferimenti normativi

Il comma 14 dell’art. 7 del D.M. 17 maggio 2024 assume il ruolo di norma cardine nella disciplina della certificazione. Il dispositivo normativo prevede, in modo esplicito, che l’effettivo sostenimento delle spese ammissibili e la loro corrispondenza con la documentazione contabile predisposta dall’impresa debbano risultare da apposita certificazione, sottoscritta dal soggetto incaricato della revisione legale dei conti. Per le entità non assoggettate per legge a revisione legale obbligatoria, l’atto certificativo è rilasciato da un revisore legale iscritto nella sezione A del registro di cui all’art. 8 del D.Lgs. 27 gennaio 2010, n. 39.

La certificazione costituisce, pertanto, un documento di natura tecnico-contabile funzionale alla validazione ufficiale tra le spese formalmente dichiarate nel prospetto ZES e la loro effettiva rilevatezza nella contabilità d’impresa. Tale atto non rappresenta semplice attestazione di completezza bensì un’opera di verifica qualificata che impegna la responsabilità professionale del revisore legale.

Strumenti operativi predisposti dal CNDCEC: linee di programmazione dei controlli

A fronte della complessità tecnica dell’adempimento certificativo, il CNDCEC, in sinergia con la Fondazione nazionale dei commercialisti, ha sviluppato un articolato dispositivo operativo, pubblicato in data 11 novembre 2024 e reso disponibile presso la piattaforma https://commercialisti.it/documenti-studio/certificazione-del-prospetto-zes/.

Il dispositivo si compone di tre componenti strutturali:

• Un modello di lettera di incarico
• Un fac simile di certificazione del prospetto ZES
• Una check list articolata suddivisa secondo le aree di verifica

Tale strumentazione non rappresenta una mera raccolta di modulistica bensì costituisce una guida metodologica finalizzata a uniformare gli standard di controllo e a ridurre gli elementi di incertezza interpretativa nel corso dello svolgimento dell’incarico certificativo.

Articolazione dei controlli e delle verifiche: metodologie operative

Il framework di verifica delineato nella check list del CNDCEC è strutturato su tre dimensioni complementari di controllo.

Primo livello: verifiche contabili e registrali. Il revisore legale deve accertare che gli investimenti agevolabili risultino correttamente registrati nei seguenti registri:

• Registro IVA acquisti
• Libro giornale
• Libro dei cespiti

Ulteriore aspetto della verifica contabile concerne l’accertamento che il numero identificativo del sistema di interscambio sia stato correttamente assegnato alle fatture di acquisto e che non risultino emesse note di credito a storno delle medesime fatture soggette a certificazione.

Secondo livello: verifiche documentali e contrattuali. Secondo quanto previsto nella prassi applicativa, il revisore legale deve esaminare la documentazione giustificativa degli acquisti realizzati, articolata in:

• Copia dei contratti relativi all’acquisizione dei beni e dei servizi
• Copia dei documenti di trasporto (DDT)
• Copia della fatturazione elettronica
• Documentazione contrattuale relativa alle operazioni di leasing finanziario, qualora rilevante

In relazione ai contratti, risulta essenziale verificarne la sottoscrizione, la coerenza con le fatture, i documenti di trasporto e gli ordini di fornitura. Per i beni immobili, la documentazione acquisisce specifiche caratteristiche: atti notarili, contratti di appalto, documenti tecnici quali rapporti di collaudo e stati di avanzamento lavori.

Terzo livello: conformità normativa civilistica, fiscale, previdenziale. Il controllo in questa dimensione mira a verificare che le spese siano sostenute in conformità alle normative vigenti in materia tributaria, civilistica e previdenziale. In relazione alle spese per personale dipendente, risulta prioritario verificare:

• Lettere di incarico
• Timesheet nominativi, sottoscritti dal legale rappresentante e dal consulente del lavoro o responsabile risorse umane
• Calcolo analitico del costo orario
• Coerenza tra le ore imputate al progetto agevolato e le ore lavorabili, con esclusione di giorni festivi, ferie e periodi di malattia

Configurazioni procedurali particolari e trasmissioni differenziate

La normativa contempla due situazioni specifiche che divergono dal flusso ordinario di trasmissione della comunicazione integrativa, richiedendo canali di comunicazione differenziati.

Prima configurazione. Ricorrono gli investimenti non documentabili mediante l’emissione di fatture elettroniche ovvero acquisiti per mezzo di contratti di locazione finanziaria. Per tali fattispecie, la certificazione contabile e le relative fatture di acconto emesse antecedentemente al 2025 devono essere trasmesse alla PEC creditoimpostazes@pec.agenziaentrate.it entro 30 giorni dalla data di pubblicazione del provvedimento recante la percentuale di riparto.

Seconda configurazione. Concernente gli investimenti realizzati nel periodo 1° gennaio 2025 – 15 novembre 2025, per i quali siano stati emessi acconti fatturati nel periodo 20 settembre 2023 – 31 dicembre 2024. Analogamente, la certificazione contabile e le fatture di acconto seguono il medesimo percorso trasmissivo, entro il termine di 30 giorni successivo alla comunicazione ufficiale della percentuale di riparto.

Analisi della situazione finanziaria: prenotazioni versus disponibilità di stanziamento

Secondo i dati comunicati dal Ministero dell’Economia alla Camera dei deputati in risposta a interpellanze parlamentari, il valore complessivo delle prenotazioni per crediti d’imposta ZES ammonta a circa 11,4 miliardi di euro, in confronto a uno stanziamento annuale di 2,2 miliardi di euro. Tale scostamento quantitativo ha suscitato considerazioni riguardanti l’eventuale insufficienza delle risorse allocate.

Tuttavia, l’analisi differenziata della composizione delle prenotazioni rivela un quadro più articolato. Delle prenotazioni per 11,4 miliardi di euro, approssimativamente 10,844 miliardi risultano riferibili a investimenti non ancora realizzati né fatturati alla data di rendicontazione. Tali prenotazioni rappresentano impegni programmatici non ancora concretizzatisi in spese effettive. Conseguentemente, il carico effettivo sul bilancio dipenderà dalla percentuale di investimenti che verranno effettivamente portati a termine e certificati nel corso dell’anno fiscale.

Comunicazione della percentuale di riparto e modalità di rideterminazione del credito

La determinazione dell’ammontare di credito d’imposta effettivamente riconoscibile è demandata al Direttore dell’Agenzia delle Entrate, il quale è tenuto a emanare un provvedimento entro il 12 dicembre 2025, nel quale verranno comunicate:

• La percentuale di riparto
• L’ammontare di credito d’imposta spettante a ciascun beneficiario

Nel caso di insufficienza delle risorse stanziate rispetto alle prenotazioni validate, la disciplina prevede l’applicazione di un coefficiente di riduzione proporzionale, che comporta la diminuzione omogenea dell’importo di credito inizialmente prenotato per tutte le imprese beneficiarie. Tale meccanismo, comune nel sistema italiano degli incentivi tributari, determina un periodo di incertezza gestionale sino alla comunicazione ufficiale della percentuale.

Profili di criticità nella pratica professionale

L’esperienza applicativa evidenzia ricorrenti profili di criticità nel corso dello svolgimento dell’incarico di certificazione. Le lacune documentali più frequentemente riscontrate riguardano:

• L’assenza di idonea evidenza contabile del collegamento tra le fatture ricevute e i registri contabili
• L’incompletezza della documentazione contrattuale e di trasporto
• La difformità tra i dati indicati nel prospetto ZES e quelli rilevabili nei registri societari e fiscali

Tali criticità, se non prontamente risolte nella fase preparatoria della trasmissione, possono determinare l’emissione di certificazioni con rilievi o, nei casi più gravi, la necessità di rettificazione della comunicazione integrativa. La responsabilità tecnica del revisore legale rimane centrale nell’assicurare la coerenza e la tracciabilità della documentazione sottoposizione a verifica.

Conclusioni operative

La strutturazione complessa del procedimento di certificazione del prospetto ZES riflette l’esigenza di contemperare la necessità di controllo amministrativo con quella di certezza del diritto per i contribuenti. Gli strumenti operativi predisposti dal CNDCEC rappresentano una significativa risorsa metodologica per uniformare i protocolli di verifica e ridurre i margini di incertezza interpretativa. La puntuale osservanza dei termini procedurali (15 novembre per il completamento degli investimenti, 18-2 dicembre per la trasmissione della comunicazione integrativa) e l’acquisizione tempestiva della certificazione contabile risultano elementi critici per garantire il riconoscimento dell’agevolazione tributaria.